Но не всегда веселым было то время. В конце 1933 – начале 1934 гг. сфальсифицировали «дело славистов», затронувшее многих коллег Ушакова. Был арестован его давний друг, «большой ребенок» Н. Н. Дурново, которого больше никто никогда не видел (лишь через много лет выяснилось, что его расстреляли в местах заключения в 1937 г.). Вслед за ним «изъяли» группу видных русистов и славистов, среди которых были его коллега по МГУ А. М. Селищев (см. очерк «Крестьянский сын»), один из авторов словаря Ушакова В. В. Виноградов и любимый его ученик В. Н. Сидоров. Этим троим повезло больше, чем Дурново: они вернулись еще при жизни Дмитрия Николаевича, и тот им всегда старался помочь. Он добился того, что Виноградов мог работать над словарем и в вятской ссылке, а Селищеву и Сидорову после их возвращения дал возможность работать в МИФЛИ и других местах, хлопотал о получении ими разрешения жить в Москве (его ходатайства, в том числе на имя И. В. Сталина, сейчас опубликованы).
А в конце 80-х гг., когда открылись архивы ОГПУ, стало известно, что и над самим Дмитрием Николаевичем тогда сгущались тучи. В протоколах допросов арестованных постоянно фигурировало его имя как одного из руководителей «контрреволюционной фашистской организации», это означало приготовление к аресту. Однако в какой-то момент вдруг в показаниях начала записываться фраза: «Ушаков – антисоветски настроенный человек, но мне неизвестно, был ли он членом организации»; на понятном лишь посвященным диалекте ОГПУ это значило: Ушаков более не разрабатывается. Причина спасения остается неизвестной. Одна из возможных гипотез: Дмитрия Николаевича кто-то (например, сам Сталин, не давший по этому же делу санкцию на арест В. И. Вернадского) счел нужным специалистом, особенно в связи со словарем, работа над которым в 1934 г. была в разгаре.
И действительно, в течение трех десятилетий Ушаков был не только крупным педагогом, но и виднейшим деятелем в области практического применения науки о русском языке. В первую очередь речь шла о поддержании и совершенствовании русской литературной нормы в трех ее аспектах: орфографическом, орфоэпическом (произносительном) и лексикографическом (словарном).
Еще до революции ученый активно выступал как сторонник реформы русской орфографии. Этому была посвящена его книга «Русское правописание», издававшаяся дважды. Когда же в 1917–1918 г. реформа состоялась, Ушаков занял ведущее место в ее пропаганде и распространении. В течение многих лет он возглавлял Орфографическую комиссию Наркомата просвещения. Выше упоминался его знаменитый «Орфографический словарь», многократно издававшийся при его жизни (впервые в 1935 г.) и после его смерти (к 1990 г. 41 издание) и известный не одному поколению школьников. Вопросы нормы, в том числе орфографической, именно в 20–30-е гг. были очень актуальны. Хотя новая орфография была проще старой и усваивалась легче, но после революции русский литературный язык значительно распространился вширь, включив в число своих носителей массы рабочих и крестьян, часто овладевавших языковой нормой не полностью. Возникла угроза размывания нормы, против этого при поддержке власти предпринимались активные меры, особенно с начала 30-х гг., и главным научным экспертом здесь стал Ушаков.