К этому времени славистика и история русского языка в Москве испытали большие потери: одни умерли, другие эмигрировали. Молодой энергичный профессор быстро занял ведущее положение. Помимо МГУ, он работал в Институте языка и литературы РАНИОН (Российская ассоциация научных институтов общественных наук), возглавлял секцию русского языка Ученого комитета Наркомпроса. С московскими лингвистами, воспитанными в иных, чем он, традициях школы Ф. Ф. Фортунатова, он нашел общий язык. По мнению В. Н. Сидорова, видного представителя Московской школы, Селищев, «пожалуй, был ближе к московской школе, чем к казанской». Сидоров и другой крупный представитель этой школы Р. И. Аванесов были в те годы учениками Афанасия Матвеевича. Но отношение к нему оказывалось у склонных к теории его учеников неоднозначным, о чем много лет спустя скажет Аванесов. «Главный учитель», «наш любимец», пример в науке и жизни, но «не понимал и принимал все новое в лингвистике», включая уже не раз здесь упоминавшуюся фонологию. Рубен Иванович вспоминал, что однажды он даже грубо ответил учителю, когда тот «резко выступил против нашего метода», за что потом себя винил.
Тематика исследований у Селищева в эти годы имела три направления: славистика, в основном в историческом плане, русская диалектология, социолингвистика. Славистикой, однако, становилось заниматься все труднее и не только потому, что нельзя стало ездить в славянские страны: в эпоху «санитарного кордона» вокруг СССР изучение языков враждебных государств не очень поощрялось. Три написанные ученым книги он смог издать лишь в Болгарии в 1929–1933 гг. на русском языке (тогда публикации за границей еще допускались). Это «Полог и его болгарское население», «Славянское население в Албании», «Македонские кодики XVI–XVIII вв.». Из диалектологических работ наиболее крупная – «Русские говоры Казанского края» (1927).
Но наибольший резонанс из всех работ Селищева имела вышедшая в 1928 г. книга «Язык революционной эпохи. Из наблюдений над русским языком последних лет (1917–1926)». На эту тему писали и другие видные языковеды тех лет, в том числе Е.Д. Поливанов (см. очерк «Метеор»), а также А. М. Пешковский. Но книга Селищева, уступая работам этих ученых с теоретической точки зрения, намного превосходит все, что тогда было написано по данной тематике, по богатству и разнообразию собранного материала.
Позиция ученого была точно определена им самим. В Институте востоковедения РАН сохранился экземпляр книги с дарственной надписью автора видному тюркологу: «Владимиру Александровичу Гордлевскому от летописца». Взгляд летописца отразился и в лингвистической, и в идейной позиции Селищева.