Крестьяне, обследованные Селищевым, жаловались на местную белую власть, а, как он пишет, «отношение к “большевизне” сочувственнее. Эти села только слышали программные речи большевиков и видели их бегущими после своего падения. По местам с благодарностью вспоминают, что большевики разрешили воспользоваться крестьянам спорной бурятской землей. Вернувшиеся военнопленные своими рассказами о голодающих деревнях Европейской России несколько поколебали надежды на большевицкое благополучие». В этих фразах видны и неприязнь их автора к большевикам, и представление о необратимости их падения.
Селищев подробно описывает и костюм старообрядцев, и содержание их книг, и их духовные стихи, и фонетические и грамматические особенности их диалекта, устанавливая, что они переселились из старообрядческих районов Черниговской и Могилевской губерний (это как раз те места, где сходятся Россия, Украина и Белоруссия). Многое из того, что успел зафиксировать ученый, скоро будет безвозвратно утрачено. При всей тяжести обстановки экспедиция достигла важных научных результатов.
В Иркутске Селищев работает и над более обширным по охвату материала исследованием, подготовив первый выпуск «Диалектологического очерка Сибири», оставшийся единственным. В нем описывается фонетика и морфология русских говоров Сибири и частично Дальнего Востока, выявляются их происхождение от говоров исходных местностей, взаимовлияние и результаты контактов с аборигенными языками. Книга вышла в 1921 г., когда ее автора уже не было в Иркутске.
В 1920 г. вопреки представлениям Селищева большевики вернулись. Второй раз с белыми он не ушел: теперь это означало эмиграцию, а, видимо, хотелось продолжать исследовательскую и преподавательскую деятельность на родине. Еще несколько месяцев он жил в Иркутске, но летом того же года решил вернуться в Казань, где стал профессором, как раз в это время он совершил еще одну важную по результатам экспедицию, изучив бытование русского языка у неславянских народов Поволжья: чувашей и марийцев; результаты также были опубликованы. Но второй период пребывания в Казани оказался много короче первого: менее двух лет. Работы там было мало; как пишет ученик и биограф Селищева С. Б. Бернштейн, «весь цикл славистических дисциплин подвергся в это время здесь значительному сокращению». И не попрекали ли его в Казани «белогвардейством»? А, может быть, просто показалось заманчивым предложение переехать в Москву?
В конце 1921 г. Афанасий Матвеевич получил приглашение занять после смерти профессора В. Н. Щепкина кафедру славянской филологии в МГУ (тогда 1 МГУ) и в начале 1922 г. переехал в Москву, где прожил оставшуюся часть жизни с перерывом на годы заключения. Он поселился прямо в здании университета (в том корпусе, где сейчас факультет журналистики) вдвоем с помогавшей ему старой няней: семьи и личной жизни профессор никогда не имел, все время было посвящено работе.