Приехав в Москву, где ему не полагалось появляться, Селищев без разрешения живет в прежнем помещении и пытается прописаться у няни, пишет об этом Н. И. Ежову. Но няня, заменявшая ему мать, через месяц умерла, комната в МГУ вскоре была отобрана. Селищев прописался у знакомых в Калинине (ныне Тверь), но фактически жил в Москве и продолжал писать ходатайства наверх, то в НКВД, то в ЦИК СССР, прося хотя бы временной прописки. Он заявлял в мае 1937 г.: «Меня угнетает судимость. Мне тяжело и то, что я не могу возобновить свои научные работы, которым я отдал всю жизнь… Я не могу пользоваться библиотеками Московского университета и имени В. И. Ленина, а также и своею, находящейся в моей квартире». В лагере надежды на будущее помогали выстоять, теперь опускались руки.
Вопрос о прописке в столице затягивался, и в то же время в разгар репрессий ученого не тронули, из Москвы не выслали. Удачнее получилось с устройством на работу. Помогли коллеги, особенно Д. Н. Ушаков (см. очерк «Человек-словарь»). Помог опальному ученому и преемник уже умершего Н. Я. Марра академик И. И. Мещанинов, в мае 1937 г. написавший в Наркомпрос положительный отзыв о научной его деятельности, в том числе и о запрещенной книге «Язык революционной эпохи» (хотя Селищев и Мещанинов во всех отношениях были далеки друг от друга). Ушаков тогда заведовал кафедрой русского языка в МИФЛИ, где постепенно начали восстанавливать преподавание славянских языков. С осени 1937 г. Селищев начинает там работать, одновременно Р. И. Аванесов устраивает учителя на свою кафедру в Московский городской педагогический институт (МГПИ). Литературовед Г. А. Соловьев, тогда студент МИФЛИ, будет вспоминать: «Нас знакомил с польским языком высокий, сутулый, седой и подслеповатый старик Афанасий Матвеевич Селищев, обаятельный и трогательный в свой бесконечной любви к польской поэзии. И мы твердили по-польски стихи (А. Мицкевича. – В. А.) о Будрысе и его трех сыновьях». А ведь «старику» было едва за пятьдесят.
Но беды все не кончались. Селищев даже в лагере оставался членом-корреспондентом, и «академическое жалованье» ему начислялось. Но в апреле 1938 г. Общее собрание Академии наук вместе с расстрелянными и осужденными академиками и членами-корреспондентами исключило из своего состава живого и уже преподававшего в московских вузах Селищева. В постановлении было сказано, что пребывание его и других исключаемых в составе Академии «позорит звание советского члена-корреспондента». Дело было не в потере небольшого в то время жалования: как пишет С. Б. Бернштейн, Селищев «вел спартанский образ жизни, был совершенно безразличен к пище, к вещам». Но моральный удар был тяжелым. Восстановят Афанасия Матвеевича в Академии наук лишь посмертно в 1957 г.