Следующий 1939 г. оказался для ученого связан и с радостными, и с нерадостными событиями. Смена Н. И. Ежова Л. П. Берией внушала надежды. Селищев возобновил ходатайства о прописке и на этот раз ее получил по личному распоряжению Л. П. Берии 8 апреля 1939 г. Одновременно такое же разрешение получил и его товарищ по несчастью В. В. Виноградов. Однако Афанасию Матвеевичу выделили лишь комнату в общежитии МГПИ.
Но в том же году над Селищевым сгустились тучи в МИФЛИ. Летом он сам подал заявление об уходе, объясняя причины в письме Д. Н. Ушакову: «Мне казалось, что для Вас не подлежит сомнению обоснованность моего отказа от ИФЛИ. До сих пор мне тяжело вспомнить о некоторых моих обстоятельствах работы там. ИФЛИ – это НИЯз с несколько утонченными манерами… Нет, не могу я работать в этой атмосфере».
Однако ученый продолжал преподавать в МГПИ, начал он работать и в Московском государственном педагогическом институте имени В. И. Ленина. Возобновилась и активная научная работа. За предвоенные годы Селищев написал учебник старославянского языка, значительно переработал и расширил написанное в конце 20-х гг. и не изданное из-за господства марризма «Введение в изучение славянских языков», из одного тома получилось три, первый том успел выйти перед войной. Пытался он и переработать и дополнить «Язык революционной эпохи», написав большую статью «О языке современной деревни».
Началась война. Селищев отказался эвакуироваться и остался в Москве. С. Б. Бернштейн вспоминал, что его учитель был настроен очень патриотично и верил в победу. Его общественное и научное положение в это тяжелое время стало улучшаться: война вновь поставила и сделала актуальным вопрос о славянском единстве. Бывший «фашист», как его именовали на следствии, теперь пишет для нового журнала «Славяне» об «извечной борьбе славян против немецких варваров», выступает на иностранном вещании на Польшу, начинает писать брошюру «Гитлеризм и славяноведение». Он пишет докладную записку в ЦК об усилении изучения славянских языков и литератур, записка одобряется. Селищев заведует кафедрой славяно-русского языкознания в Пединституте им. Ленина и принимает поручение организовать кафедру славяноведения на воссозданном филологическом факультете МГУ. В лагере он уже имел звание ударника, а теперь свидетельство ударника получил на первомайском митинге 1942 г. в своем институте.
И одновременно с этим придирки и обиды со стороны милиции. С началом войны под подозрение попали все москвичи с неснятой судимостью. По этой причине В. В. Виноградов в августе 1941 г. был выслан из Москвы. Селищев избежал этой участи, но ему несколько раз отказывали в перерегистрации паспорта, дважды он посылал заявления на имя Л. П. Берии.