Оба они в том же 1908 г. уехали учиться в Петербург и больше никогда не жили в Риге. Поливанов поступил на историко-филологический факультет Петербургского университета (славяно-русское отделение), где его главным учителем стал замечательный лингвист И. А. Бодуэн де Куртенэ, создатель фонологии, новой тогда лингвистической дисциплины, о которой я упоминаю в нескольких очерках. Учитель передал ученику не только передовые для того времени научные идеи, но и общий демократический настрой «интернационалиста-радикала», как его назовет Поливанов, политическую активность (через год после окончания Поливановым университета почти семидесятилетний Бодуэн будет изгнан из него и несколько месяцев проведет в тюрьме). Одновременно Евгений Дмитриевич учился на японском разряде в Практической восточной академии. После Русско-японской войны почти не изученная в России Япония стала популярной. Практическая академия была в Петербурге единственным местом, где можно было выучить современный японский язык. Чаще его учили студенты восточного факультета: однокурсник Поливанова Н. И. Конрад, учившийся двумя курсами позже Н. А. Невский и другие. Поливанов был почти единственным, кто пришел в японистику не из классического востоковедения, а из лингвистики.
И еще в студенческие годы (во всяком случае, не позже 1913 г.) с юношей случилось несчастье: он потерял кисть левой руки. При каких обстоятельствах это случилось, так и не ясно. В Японии Поливанов рассказывал, что руку ему отрезал казак во время разгона демонстрации, это явная мистификация. В других случаях он говорил, что положил руку на рельсы перед приближающимся поездом для испытания воли, что также сомнительно. Но есть и версия, правда, исходившая от недоброжелателей: студент лишился руки, неудачно спрыгнув с поезда в нетрезвом виде. Увы, уже в те годы он отличался не только громкими успехами, но и громким поведением.
После окончания в 1912 г. университета молодой ученый был оставлен при кафедре сравнительного языковедения, которую тогда занимал И. А. Бодуэн де Куртенэ, одновременно он начал преподавать на Женских педагогических курсах. Но в конце 1913 г. его учитель был привлечен к суду, без него кафедра не представляла интереса, и Поливанов решил заняться японским языком. Он использовал ситуацию, когда на восточном факультете не было преподавателей-японистов, кроме носителя языка Ёсибуми Куроно, и стал добиваться, чтобы его допустили к работе на факультете. А восточный факультет тогда был очень замкнутой структурой, весь его преподавательский состав формировался исключительно из собственных выпускников, Поливанов оказался первым, кто бросил вызов факультетской кастовости. Но его поддержал декан восточного факультета, желавший повысить лингвистический уровень преподавания. Это был не кто иной, как Н. Я. Марр. Тогда академик помог начинавшему ученому, позже он сыграет в жизни Поливанова плохую роль.