Перед началом военных действий Люфтваффе решили вооружить свои истребительные подразделения этой модификацией, которая тогда не была еще сколько-нибудь известна большинству воюющих сторон. Во время «Странной войны», большая часть подразделений Люфтваффе, оснащенных Bf 109Е, была размещена за линией Зигфрида, а другие дислоцированы на севере страны.
Дислокация авиачастей, оснащенных Bf 109Е Германия, август 1939 г.
| Авиачасть | Дислокация |
| Lehrdivision |
| Stab LG 2 | Ютерборг |
| l(J)/LG 2 | Гарц |
| Luftflotte 1 |
| l./JG 1 | Йезау |
| l./JG 26 | Кёльн |
| 1 l./JG 26 | Дюссельдорф |
| Luftflotte 2 |
| l./JG 2 | Дёбериц |
| Stab JG 3 | Бернбург |
| l./JG 3 | Цербст |
| l./JG 20 | Дёбериц |
| I./JG21 | Йезау |
| II./ZG 1 | Фюрстенвальде |
| Luftflotte 3 |
| l./JG 51 | Бад-Айблинг |
| l./JG 52 | Бёблинген |
| l./JG 53 | Висбаден |
| ll./JG 53 | Маннгейм |
| Luftflotte 4 |
| l./JG 76 | Вена (Асперн) |
| l./JG 77 | Бреслау |
| ll./JG 77 | Пильзен |
Другие авиачасти имели в своем составе Bf 109С и D, Bf 110С, Arado 68F, а одна группа, 11.(J)/1 86 (Marinefliegerverband), была вооружена как Bf 109В, так и Bf 109Е.
Планер Bf 109Е во многом был таким же, как у «Доры» (Bf 109D). Главным новшеством стало оснащение самолета давно ожидавшимся двигателем с системой непосредственного впрыска топлива Daimler Benz 601 А, мощностью 1 1 00 л. с. С установкой нового мотора нос самолета удлинился на 25 см и приобрел более чистые очертания. Радиатор с большим воздухозаборником под двигателем уступил место двум радиаторам меньшего сечения, которые теперь размещались под крыльями. На Bf 109Е был установлен металлический трехлопастный винт. Вооружение также было усилено, начиная с модели Bf 109Е-3, и состояло из 20-мм пушек в крыле, из-за которых на нижней стороне крыла появились характерные обтекатели. Расположение приборов и оборудования в кабине осталось практически таким же, как на предыдущих моделях, кроме некоторых изменений в управлении вооружением. Эти усовершенствования, однако, привели к увеличению веса машины на 360 кг, что отрицательно сказалось на ее летных характеристиках. Управление стало более тяжелым, а радиус виража значительно увеличился на высоких скоростях. В 1939 г. производство Bf 109Е было перенесено из Аугсбурга в Регенсбург, лицензию на выпуск истребителя получили также фирмы Arado, Erla, AGO и WNF.
Первые войсковые испытания «Эмилей» (Е-1 и Е-3) были успешно проведены в Испании. Эти испытания проходили уже после окончания гражданской войны, незадолго до Польской кампании и «Странной войны».
Серийное производство «Эмиля» было развернуто в начале 1939 г., а с февраля 1939 г. Bf 109Е-1 стали поступать на вооружение первых подразделений Люфтваффе, наряду с Jagdgruppe 88 в Испании.