Самой кровопролитной из всех четырех стала Боснийская война 1992–1995 гг. Босния и Герцеговина была единственной из шести югославских республик, не имеющей четко выраженной титульной нации. Ее этнически смешанное население составляли примерно на 43 % боснийцы (мусульмане), на 31 % сербы и на 17 % хорваты. На первом этапе войны сербская Югославская народная армия обстреливала территорию боснийцев и проводила этнические чистки, массово уничтожая боснийских мусульман. Но вспыхивали также схватки между боснийцами и хорватами и внутри этнических подгрупп.
Боснийская война продолжалась три с половиной года, ее итогом стали, по оценкам аналитиков, 100 тыс. погибших и до 50 тыс. женщин, подвергнутых насилию. Примерно 2,2 млн человек были вынуждены превратиться в беженцев или каким-то иным образом покинуть места своего проживания. Большинство имен и названий, которые сделались известными во время югославских войн 1990-х гг., относятся к Боснийской войне, которая стала самой жестокой. Боснийских сербов возглавлял Радован Караджич, их войсками командовал Ратко Младич – оба предстали по обвинению в совершении военных преступлений в Югославии перед Гаагским международным трибуналом. Несколько географических названий неоднократно звучали в выпусках мировых новостей – например, Мостар – в связи с уничтожением моста-символа 427-летней давности, или Баня-Лука как место устроенного сербами концлагеря. Но подлинными символами войны стали, пожалуй, два названия – Сараево и Сребреница.
Боснийская столица Сараево в 1984 г. была местом проведения зимних Олимпийских игр, но в апреле 1992 г. понесла большой ущерб при осаде, начавшейся после того, как мусульманский президент Боснии Алия Изетбегович провозгласил ее независимость от Югославии. Эта независимость была моментально признана международным сообществом, в ответ на что сербы начали стягивать к городу войска. Осада продолжалась дольше самой войны и закончилась лишь в феврале 1996 г.
Население городка Сребреница не превышало 8000 человек, но в годы конфликта достигло 40 тыс. человек – за счет боснийцев, спасавшихся там от этнических чисток. Находящийся под защитой ООН город был подвергнут обстрелу и разграблению сербскими войсками в пасхальный понедельник 1993 г., когда были убиты десятки человек. ООН объявила город «зоной безопасности», но должная военная защита ему не была обеспечена, и в июле 1995 г. сербские войска захватили предположительно демилитаризованный город и уничтожили, по некоторым оценкам, 8500 боснийских мужчин. Этот эпизод позднее дал основание Международному трибуналу в Гааге, рассматривавшему дело о военных преступлениях в Югославии, объявить расстрел геноцидом и обвинить Сербию в том, что она не смогла предотвратить его. В 2014 г. суд по гражданским делам в Гааге постановил, что Нидерланды несут ответственность за смерть 300 человек из этого числа, поскольку голландские солдаты, входящие в состав миротворческих сил ООН, преднамеренно передали 300 боснийских мужчин сербским войскам.