Всероссийский Собор продолжал свои деяния, невзирая на поступающие во всё большем числе сообщения о нападении безбожников на церкви и духовенство, насилия и убийства. Собор разработал Положение о Высшем Церковном Управлении, о правах и обязанностях Патриарха, Синода, Епархиального управления и пр.
2-го декабря 1917 года Собор вынес постановление о правовом положении Православной Российской Церкви, возглавленной Патриархом. Канонически это определение безупречно, но поражает тем, что как бы игнорирует наступающее для неё положение гонимой, а не только независимой от государственной власти. По-видимому, в сознании членов Собора не укладывалось понимание, что гражданская власть коммунистов твёрдо укрепилась, и что теперь Церковь имеет перед собой не просто отделённое от неё государство, а антихристову власть. Для этой власти вопрос заключался в том, как уничтожить Церковь и веру, а совсем не в том, как урегулировать отношения с ней.
Когда члены Собора вернулись после рождественских каникул, они тут же встали перед проблемой церковного бесправия и организованной акции уничтожения Церкви любыми средствами.
В Собор посыпались вести о разных случаях разбойничьих нападений на епископов и священников. Начал составляться и быстро расти список новомучеников…
19-го января 1918 года Патриарх Тихон обратился ко всей Церкви с кратким пламенным посланием. В нём он ярко обрисовывал то, что обуревало Церковь с приходом к власти большевиков: «Жесточайшее гонение воздвигнуто на святую Церковь Христову: благодатные Таинства, освящающие рождение на свет человека или благословляющие супружеский союз семьи христианской, открыто объявляются ненужными. Святые храмы подвергаются разрушению или ограблению и кощунственному оскорблению, чтимые народом святыни захватываются безбожными властителями тьмы века сего, школы, содержавшиеся на средства Православной Церкви и училища, подготовлявшие пастырей, признаются излишними, имущества монастырей и церквей православных отбираются»… Тут Патриарх обращается и прямо к большевикам: «Опомнитесь, безумцы! Прекратите ваши кровавые расправы… Властью, данной нам от Бога, запрещаем вам приступать к Тайнам Христовым, анафематствуем вас, если только вы ещё носите имена христианские, хотя по рождению своему принадлежите к Церкви Православной».
Вскоре после издания этих актов, члены Собора были потрясены вестью об убийстве Киевского Митрополита Владимира. Подробные сведения об этом преступлении содержатся в книге протопресвитера Михаила Польского «Новомученики Российские» и в 4-м томе книги архиепископа Никона «Жизнеописание Блаженнейшего Антония, Митрополита Киевского и Галицкого».