Прибывший с Собора в Киев Митрополит Владимир оказался в очень трудном положении… Убийцы явились к Митрополиту 25 января 1918 года, он оказался в их руках совершенно одиноким. Ни один человек не встал на его защиту. Лишь его долголетний келейник подошёл под благословление своего Митрополита, когда его уводили на убиение из Лавры. Митрополит успел только благословить его и сказать: «Прощай Филипп». Как пишет о. Михаил Польский: «…забытый, брошенный своей братией, окружённый палачами и убийцами, ни в чём не повинный, кроткий и смиренный старец Митрополит Владимир спокойно шёл на казнь». Владыку привезли к месту расстрела в автомобиле. В ответ на его просьбу, убийцы позволили ему помолиться, сказав: «Только поскорее». Случайный очевидец рассказал, что, воздев руки к небу, владыка Владимир молился вслух: «Господи, прости мои согрешения вольные и невольные и прими дух мой с миром». Потом, благословив крестообразно обеими руками своих убийц, он сказал: «Господь вас да простит».
Тело мученика было обнаружено на другой день женщинами богомолками. На нём было много не только огнестрельных ран, но и штыковых.
Митрополит Владимир был первым после революции мучеником-архиереем. Само собой разумеется, что его мученическая кончина произвела сильное впечатление на верующих и особенно на членов Всероссийского Собора. Тогда же Архиепископ Евлогий получил поручение от Патриарха провести выборы нового Киевского Митрополита. Громадным большинством голосов митрополитом был избран Архиепископ Антоний (Храповицкий) и выборы эти были вскоре утверждены Патриархом Тихоном. Перед отъездом Митрополита Антония в Киев, от лица Харьковской епархии его просили указать, кого он хотел бы видеть там своим преемником. Он указал на Архиепископа Анастасия, впоследствии заменившего его и на посту главы Зарубежной Церкви.
Однако Митрополит Антоний мог управлять своей епархией только до декабря. В декабре 1918 года власть захватили петлюровцы. Митрополит Антоний и Архиепископ Евлогий были арестованы и заточены в униатском монастыре в Галиции. Этой ссылкой, вероятно, была сохранена жизнь Митрополита Антония в период наступившего буйного гонения на Церковь в России. Кто мог тогда догадаться, что таким испытанием Господь сохранял жизнь Митрополита Антония для совсем особого подвига за рубежом?
Январь 1918 года послужил началом ряда жестоких убийств представителей духовенства в таком же разбойничьем порядке, как убийство Митрополита Владимира. 31-го марта Патриарх Тихон в сослужении четырёх архиереев и многочисленного духовенства служил торжественную панихиду об упокоении «рабов Божиих за веру и Церковь Православную убиенных». Кроме Митрополита Владимира поминали 14 убитых священников «и многих священного, иноческого и мирского чина, их же имена Ты, Господи, веси»,