Военная обстановка в Крыму заставила эвакуировать техникум в Астрахань. В 1942 году он (теперь АСУО Военно-Морского Флота) был переведен на озеро Байкал. Налаживание учебного процесса на неподготовленном месте потребовало больших усилий личного состава отряда, местных партийных и советских органов. На озере не было причалов, не хватало плавсредств. В зимнее время на льду строились утепленные домики, делались проруби, производились тренировочные спуски учеников под лед. Благодаря усилиям таких самоотверженных людей, как Ф. А. Шпакович, С. М. Кобыльских, Я. В. Настусевич, А. И. Георги, Г. И. Алексеев, Н. А. Клименко, И. Е. Горелый, П. С. Мацкевич, Н. Я. Шелковой, Л. Ф. Кобзарь, Ф. К. Хандюк и ряд других руководителей, преподавателей и инструкторов, отряд успешно справился со всеми трудностями и подготовил достаточное количество квалифицированных кадров, столь необходимых в суровых условиях военной поры и в послевоенный период. В 1944 году отряд возвратился в Балаклаву.
Большую роль в решении кадровой проблемы сыграли также созданные в сентябре 1942 года краткосрочные курсы по подготовке специалистов аварийно-спасательного и судоподъемного дела. На них зачислялись офицеры-инженеры с кораблей и частей флотов, пожелавшие перейти в АСС. За годы войны на курсах было подготовлено много десятков отличных специалистов, блестяще проявивших себя на боевой практической работе.
С 1942 года, в целях обмена опытом между флотскими спасателями, АСУ систематически выпускало «Сборник АСС ВМФ». В управлении было создано научно-исследовательское подразделение во главе с Н. И. Евдосеевым.
В том же 1942 году управление организовало изготовление новой спасательной и судоподъемной техники на своем заводе в Москве.[63] Завод, возглавлявшийся М. А. Пимоненко, выпускал 80- и 40-тонные судоподъемные понтоны, мотонасосы, помпы, водолазные шлемы и различное аварийно-спасательное имущество.
Технические средства производились также и другими предприятиями страны, часть их закупалась за границей. Так, в 1943 году группа специалистов в составе Б. В. Михеева, П. П. Чернакова, Б. М. Лазарева-Станищева и М. Н. Семененко была направлена в США для закупки импортных мотонасосов, электронасосов, компрессоров, сварочных агрегатов и другого оборудования. Вскоре закупленная техника начала поступать через Баку, Архангельск и Мурманск в подразделения АСС.
Необходимо было обеспечить техническими средствами не только действовавшие тогда отряды АСС, но и создать запас для новых формирований.
Управление АСС оказывало постоянное влияние на организацию и ход выполнения аварийно-спасательных, судоподъемных и подводно-технических работ на флотах и флотилиях. Во всех наиболее крупных операциях участвовали его представители.