Большой объем спасательных и судоподъемных работ в условиях фронтовой обстановки был выполнен в 1942–1943 годах в островном районе Финского залива, в Кронштадте и Ленинграде. С мая и до конца 1943 года основные силы АСС были сосредоточены на обеспечении переброски войск и боевой техники на ораниенбаумский плацдарм. Систематический артобстрел и налеты вражеских самолетов не смогли парализовать деятельность флотских спасателей. Они приходили на помощь аварийным кораблям и судам в любое время суток, в любой обстановке, хотя и несли существенные потери.
После прорыва блокады Ленинграда, с началом продвижения сухопутных войск и флота на запад, на первый план в деятельности аварийно-спасательной службы выдвинулась задача обеспечения наступательных операций наших Вооруженных Сил. Спасательные суда «Нептун», «Сигнал» и «Метеор» следовали вместе с боевыми кораблями. Для действий в зонах, освобожденных от фашистских войск, портов советской Прибалтики, Польши, а затем и Германии формировались новые отряды АСС. Они были созданы в Таллине, Риге, Либаве (Лиепае), Варнемюнде, Пиллау (Балтийске), Свинемюнде (Свиноустье). В их быстром формировании и становлении большая заслуга принадлежит руководителям АСС КБФ М. Н. Чарнецкому и М. Н. Балтачи, командирам, инженерам и водолазным специалистам отрядов Е. С. Субботину, И. И. Демидову, Б. О. Найману, Ю. А. Могула, П. Г. Серебрякову, А. Н. Шмыреву, В. А. Михайлову, А. Н. Говорову, Н. Д. Родионову, К. Г. Гурвичу, А. Д. Разуваеву, Б. С. Казину, С. И. Рябкову, Н. В. Соколовой, А. Г. Константинову, Б. Н. Четверикову, Л. А. Дроздецкому и другим.
Наряду с аварийно-спасательным обеспечением боевых действий армии и флота подразделения АСС КБФ выполняли большой объем судоподъемных работ по заданиям Государственного комитета обороны.
Всего за годы войны балтийскими спасателями было снято с мели 99 судов и боевых кораблей общим водоизмещением 89 800 тонн, спасено 180 поврежденных судов и кораблей (169 000 тонн), оказана водолазная помощь 702 кораблям и судам.
В более тяжелом положении оказалась в начале войны аварийно-спасательная служба на Черном море. Она располагала значительно меньшими силами и средствами, а черноморский театр военных действий по протяженности значительно превосходил балтийский. К тому же в первое время спасательные суда использовались как обычные буксировщики, которых на флоте не хватало.
В конце ноября 1942 года начальником аварийно-спасательной службы был назначен Б. Е. Годзевич, который умело организовал работу АСС флота.