К началу войны уровень специальной подготовки эпроновцев был высоким. Младший начальствующий и рядовой состав на 70–80 процентов состоял из сверхсрочнослужащих, проработавших в ЭПРОНе свыше десяти лет. Некоторые служили в нем с самого его основания. Командный состав, хотя в большинстве и не имел специального военно-технического образования (кроме окончивших Военно-морской водолазный техникум), но все это были практики с большим опытом, хорошие моряки и умелые организаторы.
Эпроновцы вошли в состав Черноморского флота, располагая лишь двумя спасательными судами («Меркурий» и «Юпитер»), двумя буксирами («Шахтер», «Кабардинец»), катером «Аджарец», судоподъемной плавбазой «Алтай» и несколькими морскими и рейдовыми ботами. Эти суда, кроме «Меркурия» и «Юпитера», были маломореходными и для работы в свежую погоду не годились. И тем не менее на их счету немало героических дел. Почти все они прошли через войну, некоторые еще долго трудились и в послевоенное время. Смелыми и решительными действиями отличались командиры судов Павел Иванович Крысюк («Шахтер»), Владимир Аркадьевич Романов («Юпитер»), Иван Дмитриевич Кравцов («Меркурий»), Константин Апостолович Могула («Алтай») и возглавляемые ими экипажи.
Черноморская экспедиция к началу войны располагала парком новых судоподъемных понтонов общей грузоподъемностью около 8000 тонн. Часть их (около 2200 тонн) с 1940 года находилась под водой на глубине более 60 метров у борта парохода «Цесаревич Алексей» в районе мыса Тарханкут. С первого раза поднять судно не удалось, а повторная попытка в связи с надвигавшейся войной задержалась. В начале июля 1941 года большая часть этих понтонов была расстроплена и поднята группой водолазов во главе с опытным специалистом лейтенантом П. Н. Литвиновым. Они были отбуксированы в Севастополь. Руководил этой важной и необходимой операцией начальник штаба экспедиции Черноморского флота, опытный моряк М. Ф. Чеков.
В ходе войны погибло и износилось много техники. Получили боевые повреждения спасательные суда. Отдел АСС Черноморского флота сумел организовать их ремонт, пополнение техники, изготовление ее на месте. А когда потребовалось создание новых формирований АСС для освобожденных портов, сумел обеспечить их судами и техникой. Количество самоходных и несамоходных судов АСС в ходе войны и в послевоенный период увеличилось в несколько раз как за счет поднятых со дна моря, так и за счет трофейных.
В становление отдела АСС как органа управления Черноморского флота много усилий вложили П. Д. Фаддеев, Г. Ф. Масалов, М. Ф. Чеков, Б. Е. Годзевич, Б. В. Земсков, Г. Л. Артюхов, А. Е. Болгов, М. Г. Скипский, Г. А. Левинсон, П. Н. Литвинов, М. П. Мелешенко, А. И. Фигичев, И. И. Друкер, К. Г. Гурвич и другие руководители-эпроновцы.