В мае 871 года Этельред умер, и Альфред с общего согласия был провозглашен королем. Месяц спустя он снова сразился с датчанами при Уилтоне и на этот раз проиграл. Королевство было так ослаблено, что Альфреду пришлось заключить мир на условии уплаты дани. Уэссекские короли откупались от захватчиков со времен Этельбальда, но эта тактика приносила мало успеха — у викингов не было единого командования, и одни пираты вовсе не собирались соблюдать договор, заключенный другими. К тому же у них была теперь иная цель — захватить всю Англию вместе с ее богатствами. В 872 году они вторглись в Мерсию и за два года разорили ее почти целиком, вынудив короля Бургреда отречься от трона и бежать в Рим. Новым королем стал этелинг Келвулф, который во всем подчинялся захватчикам и даже согласился ради них отречься от христианства.
Весной 876 года армада викингов высадилась на побережье Уэссекса и двинулась навстречу сухопутным силам, которые в это время грабили Уорхэм. Однако скандинавов ждал неприятный сюрприз — за время передышки Альфред успел выстроить довольно сильный флот, который прижал пиратские драккары к берегу. Викингам пришлось заключить мир, поклявшись на священном браслете, что они никогда не вернутся в Уэссекс. Перезимовав на юге Англии, многие завоеватели уплыли искать добычи в других местах; среди них был и «морской король» Роллон, позже основавший герцогство Нормандию. Тем не менее на следующий год новая ватага пиратов дотла сожгла Эксетер.
По данным источников трудно понять, почему в начале правления молодого энергичного короля Англия оказалась в еще более трудном положении, чем при его менее активных предшественниках. Возможную причину открывают сообщения хроник, где говорится, что Альфред «не удостаивал просителей приема и выслушивания их жалоб, не снисходил к слабым и почитал их за ничтожества». Образованный король, побывавший за границей, свысока относился к древним обычаям англосаксов и их учреждениям, включая «совет мудрых». Он мечтал об установлении единовластия по римскому образцу и придумывал нововведения, которые его подданные встречали с подозрением, видя в них покушение на свои исконные права. Такую версию выдвигали английские историки XIX века; возможно, она не вполне объективна, однако отчуждение между королем и народом в первые годы правления Альфреда имело место и стало главной причиной тяжелых поражений в борьбе с северными захватчиками.
В январе 878 года в уилтширском местечке Чиппенхэм на Темзе высадилось целое войско викингов во главе с тремя конунгами, старшим из которых был «морской король» Гутрум, или Гутторм. Численность захватчиков современные историки оценивают в 5–6 тысяч человек. Уилтшир, Хэмпшир и Сомерсет покорились почти без сопротивления; жители массово бежали в труднодоступные местности, оставляя на разорение свои дома и все имущество. Альфреду тоже пришлось покинуть столицу и укрыться в местечке Этельни среди сомерсетских болот. Там он несколько недель жил в хижине пастуха, от жены которого однажды получил нагоняй за подгоревшие лепешки — рассказ об этом увековечен хронистами. Историк сокрушенно пишет о своем герое: «Он не имел ничего за исключением того, что он захватывал в частых набегах у язычников или получал от христиан, которые подчинились языческой власти». Однако не следует преувеличивать бедственное положение короля: с ним были десятки слуг и дружинников и ополченцы, собранные сомерсетским элдорменом Этельнотом.