Поначалу строительство первых двух прототипов Ме 163 велось, можно сказать, в полуподпольных условиях — группа Липпиша вынуждена была использовать для этого паузы в работе производственной линии, выпускавшей двухмоторные истребители Bf 110. Но успешные испытания DFS 194 возродили интерес Технического отдела рейхсминистерства авиации к ракетному самолету. Количество прототипов, заказных «Мессершмитту», увеличили с двух до шести. Им присвоили общее обозначение Ме 163А (наряду с индивидуальными номерами «V»), а для будущего боевого варианта зарезервировали обозначение Ме 163В. Надо сказать, это шло вразрез с планами самого Липпиша — в его видении Ме 163 был опытной машиной, всего лишь очередным шагом в исследовании скоростных самолетов схемы «бесхвостка». Создание же на его базе боевого самолета он считал неоправданным и перспектив для его боевого применения не видел. Уже в послевоенные годы Липпишу приходилось отбиваться от нападок «историков от авиации», обвинявших его в создании самолета, заведомо негодного для воздушного боя. Он заявлял: «В момент начала разработки Ме 163 мы даже подумать не могли о том, что эта машина будет использоваться в роли боевого самолета. На том этапе проводившихся работ нашей задачей было исследование области высоких дозвуковых скоростей, соответствовавших числу М=0,8–0,9, а также выбора наиболее подходящих профилей крыла. В сущности, Ме 163 был очередным опытным самолетом и именно поэтому он не имел шасси в общепринятом смысле этого слова, а небольшая емкость его топливных баков обеспечивала полеты только вблизи аэродрома…» Что там говорить — даже нормального шасси на самолете не было: взлет производился при помощи сбрасываемой тележки, а посадка — на подфюзеляжную лыжу.
Один из двух прототипов с ракетным двигателем DFS 194, который был собран в Аугсбурге. Судьба другого прототипа не известна.
Ме 163A V4 KE + SW, июль 1941 г.
Повышение приоритета «Проекта Х» сразу же сказалось на темпе работ группы Липпиша. Уже к концу 1940 г. был готов первый прототип — Me 163V4 (бортовой буквенный код KE+SW), но подвели двигателисты, все ещё доводившие ЖРД Вальтера R II-203b. Поэтому Липпиш решил, так же, как и в случае с DFS 194, начать испытания в режиме планера, с баками топлива и окислителя, заполненными водой. В марте 1941 г. Хейни Диттмар выполнил первый полет на буксире за Bf 11°C. Поскольку заводской аэродром в Аугсбурге был слишком мал, испытания поначалу велись в Лехфельде. Уже в первом безмоторном полете Ме 163 продемонстрировал отличные пилотажные качества. При скорости 220 км/ч снижение составляло 1,5 м/с, то есть, при отцепке от буксировщика на высоте 1000 м самолет до посадки мог преодолеть добрых два десятка километров! Правда, первый полет едва не закончился потерей машины: не имеющий ни закрылков, ни аэродинамических тормозов Me 163V4 проскочил на высоте считанных сантиметров всю взлетную полосу и коснулся её лишь в самом конце бетонки. К счастью, грунт за пределами ВПП был хорошо утрамбован, и машина благополучно приземлилась, остановившись в нескольких метрах от забора.