Однако хозяин бёблингенского завода доктор Ганс Клемм (Hans Klemm) принципиально отказывался выпускать боевые самолеты — он слыл пацифистом и соглашался строить лишь учебные аэропланы для люфтваффе, дабы обеспечить работой своих сотрудников. 23 мая 1943 г. Клемма устранили от управления предприятием, назначив нового директора Венца (Wenz), лишенного «глупых пацифистских предрассудков».
Выпуск Ме 163В на фирме «Клемм» осуществлялось в широкой кооперации с другими предприятиями — отдельные узлы должны были поставлять фирмы «Флеттнер», «Фокке-Ахгелис», «Вольф Хирт», «Шемп унд Бизер». Топливные баки выпускались в Коттбусе, гидравлические амортизаторы — в Зонненберге, а, например, бронированную носовую часть фюзеляжа предполагалось изготавливать аж в Румынии. В самом Бёблингене находилось два предприятия «Клемм»: завод № 2 на ул. Зиндельфингерштрассе выпускала крылья и фюзеляжи, а окончательная сборка «Комет» осуществлялась на заводе № 1 на ул. Калверштрассе. Возрастание объемов производства требовало дополнительной рабочей силы, и на «Клемм» направили значительный контингент «остарбайтеров», в основном женщин. Но если сборку Ме 163В ещё можно было поручить низкоквалифицированным рабочим (благо, в технологическом отношении самолет был довольно простым), то для проведения летных испытаний серийных машин требовались опытные пилоты. Летом 1943 г. в EKdo 16 прошли подготовку три заводских летчика-испытателя — Фой (Voy), Першалл (Perschall) и Лам (Lam).
Первые выпущенные Ме 163В использовались для различных испытаний в Пенемюнде и Равенсбурге — как с двигателями, так и в безмоторном варианте. В частности, на самолете Me 163B(V1) испытывался тормозной парашют, V2 после ракетного полета 17 августа 1942 г. использовался для наземной отработки вооружения и другого оборудования, V3 применялся для испытаний ЖРД на заводе «Вальтер». На V4, получившем ЖРД R II-203b, испытывалось в полете радиооборудование, на V6 — гермокабина. Самолет Me 163B(V7) применялся для отработки варианта вооружения 30-мм пушками МК 108, а Me 163B(V8), также с двигателем R II-203b — для комплексных испытаний в Пенемюнде с полным составом вооружения и оборудования, предназначенным для серийного самолета.
Затягивание отработки ЖРД Вальтера, превысившее все мыслимые сроки, привело к поиску альтернативных силовых установок для Ме 163. В частности, на Me 163B(V10) предполагалось установить ЖРД BMW P.3330A (обозначение рейхсминистерства авиации BMW 109–510). Баварская фирма разрабатывала и двухкамерный вариант этого ЖРД для самолета Ме 163С — Р.3390/3391 (BMW 109-508A), развивавший тягу от 600 до 2500 кгс.