Параллельно с Ме 163 С велась разработка следующего варианта ракетного истребителя — Me 163D. На нем предполагалось, наконец, устранить все недостатки Ме 163В. В частности, самолет должен был получить нормальное убирающееся шасси. Для этого пришлось вновь удлинить и увеличить фюзеляж — крыло же оставалось прежним. Увеличили запас топлива, а в качестве двигателя применили двухкамерный ЖРД HWK 109-509С-1 с максимальной тягой, возросшей до 2000 кгс.
Прототип Ме 163D(V1) был закончен постройкой к началу лета 1944 г. Первые испытательные полеты (в ходе которых шасси ещё не убирали) прошли вполне успешно. Но дальнейшее развитие проекта по решению рейхсминистерства авиации передали фирме «Юнкерс» — «Мессершмитт» был загружен другими проектами, да и само отношение Вилли Мессершмитта к «сторонним» самолетам было довольно прохладным. На «Юнкерсе» руководство работами поручили профессору Хертелю (Hertel), а сам проект получил новое обозначение — Ju 248. В конструкцию внесли существенные изменения — в частности, кабина стала герметичной, а фонарь выполнили отстреливаемым в аварийных ситуациях при помощи пиропатронов. Фиксированные предкрылки заменили выпускаемыми автоматически, увеличили площадь посадочных щитков. Изменили схему защиты пилота — вместо бронированного носового конуса фюзеляжа применили бронеплиты, установленные внутри фюзеляжа. Вооружение состояло из двух 30-мм пушек МК 108 с боекомплектом 150 патронов на ствол. Были внесены и некоторые другие изменения, причем Хертель планировал ещё более глубокое вмешательство в исходную конструкцию. Однако этому воспротивилось рейхсминистерство авиации, настаивавшем на максимально быстром внедрении Ju 248 в серию.
Первый прототип Ju 248V1 был построен довольно быстро — к началу августа 1944 г., но для него ещё не был готов двигатель. Поэтому испытания начались с полетов на буксире за Ju 188. В октябре на самолет установили ЖРД HWK 109-509С-1 и начались моторные полеты, проходившие без особых проблем. Рейхсминистерство авиации рекомендовало самолет к серийному производству, вновь изменив его обозначение на Ме 263 — вспомнились «мессершмиттовские» корни. На серийных самолетах предполагалось применить ЖРД BMW 708. В этом двигателе в качестве окислителя применялась азотная кислота, а тяга его должна была существенно превысить аналогичный показатель ЖРД Вальтера.
22 декабря 1944 г. на совещании в Берлине было решено сосредоточить максимальные усилия на производстве новых ракетных истребителей. Образцом для серийных машин должен был стать прототип Ju 248V1 (он же — Ме 263V1). Однако тяжелое положение Германии не оставляло никаких шансов на разворачивание серийного производства Ме 263А-1. Прототип же в неповрежденном виде стал советским трофеем.