Несмотря на все то, что с удивлением и отвращением увидел и узнал в 1909 году у Распутина Илиодор, они еще два года дружили. Монах продолжал увещевать "старца" образумиться. Но когда на того нападали, Илиодор стойко защищал приятеля. Однако в 1911 году "божий человек" попытался соблазнить, потом и изнасиловать монахиню.
В довершение всего, обер прокурор Синода получил приказание рукоположить Распутина в священники. Произошел всеобщий взрыв гнева и возмущения. Илиодор вместе с несколькими священниками и епископом Саратовским Гермогеном заманили "старца" в кабинет епископа и допросили. Своим зычным голосом Гермоген спросил у Распутина, правда ли то, что о нем рассказывают. Оглядевшись вокруг "старец" пробормотал: "Правда, правда, все правда". Епископ Гермоген, человек большой физической силы, бил Распутина по голове кулаками и нагрудным крестом, крича во гневе: "Ты, гад, губишь, разбиваешь наши священные сосуды!" Затем его затащили в церковь перед мощами заставили поклясться впредь не блудить и не переступать порога царских дворцов. Распутин побожился, что не будет больше грешить. На следующий день "старец" пришел к Илиодору, стал умолять спасти его. Смягчившись, иеромонах повел Распутина к Гермогену. Но епископ отвернулся от униженного "старца", заявив: "Близко к себе его, скота, не подпущу".
Пришедший в себя после "выволочки" Распутин несколько дней спустя снова появился в Александровском дворце. Он стал жаловаться государю, будто на его жизнь было совершено покушение. В результате, Илиодор был заточен в исправительный монастырь во Флорищиве. Гермоген сослан в Литву в Жировицкий монастырь. Но вскоре Илиодора стали видеть то в одном, то в другом месте. Он со все возрастающим озлоблением обличал Распутина. Крестьянский "святой", которому он протянул руку дружбы, которого хотел использовать как для орудие очищения церкви и приобщения русского народа к исконным ценностям, оставшись все тем же немытым, похотливым, развратным мужиком, разрушил светлую мечту иеромонаха. Репутация Илиодора, этого пламенного проповедника и пророка, была погублена. А подлец, который был тому виной, в царских покоях по-прежнему чувствовал себя, как дома, и, наушничая императрице, перемещал епископов и благочестивых слуг Божьих, словно это пешки на шахматной доске. Тогда-то и появились первые письма, якобы взятые Илиодором со стола у "старца".
Заключенный в монастырь Илиодор ожидал суда несколько месяцев. Из кельи одно за другим слал в Святейший Синод обличающие письма.
"Не меня нужно увещевать, а вас, поклонявшихся дьяволу. С каждым днем огонь ревности о Правде Божией все более разгорается в душе моей, и все существо мое наполняется жаждой мести против вас, ибо вы забыли Бога и Христа Его... О обманщики, о змеи! О потомки христоубийц! Я разорву ваши мантии... Предатели и богоотступники. Вы все карьеристы. Бедных вы презираете, ездите в каретах, вы горды, надменны... Вы не слуги народа, вас кормящего. Современных пророков вы готовы посадить на кол... С вами, поклонниками "святого черта", Гришки Распутина, я не хочу быть в духовном общении... Животные, упитанные кровью народною!"