Третья секция содержала в себе топливный бак на 550–640 литров авиационного керосина. За ним были установлены два сферических баллона со сжатым воздухом для подачи топлива и привод пневматических сервомеханизмов системы управления, снабженный необходимым оборудованием и вентилями. Следующим был отсек аппаратуры системы управления (автопилот и бортовой источник электроэнергии — 30-вольтовая батарея); в хвостовой части размещались приводы рулей. Каркас корпуса делали из листовой стали. Прямые крылья с размахом 5,3 м имели продольный трубчатый лонжерон, нервюры и обшивку из листовой стали и не оборудовались элеронами. Более поздние версии Fi 103 снабжали крыльями из древесины с размахом 5,7 метров.
Хвостовое оперение прямоугольной формы выглядело традиционно. Киль с вынесенным назад рулем направления служил опорой для кожуха пульсационного двигателя. Размещение последнего выше оси симметрии фюзеляжа было вызвано трудностями, выявленными при разработке и эксплуатации первого немецкого реактивного самолета Не 178 с двигателем, установленным внутри фюзеляжа. Передним пилоном для монтажа силовой установки служил топливопровод.
Общая масса подготовленного к старту самолета-снаряда составляла 2180 кг. Для запуска использовали катапульту длиной 50–55 метров, установленную под углом б градусов. Катапульта была парогазовой (использовался продукт каталитического разложения перекиси водорода). Ракета Fi 103 при использовании катапульты развивала начальную скорость 320 км/ч, которую пульсационный двигатель постепенно увеличивал до 540–565 км/ч. 2 февраля 1945 года, после проведения работ по усовершенствованию конструкции удалось достигнуть максимальной скорости 800 км/ч. Благодаря этому радиус действия самолета-снаряда возрос с первоначальных 240–260 до 370 километров. Кроме катапультирования, Fi 103 можно было запускать с борта бомбардировщика: некоторое количество двухмоторных машин Heinkel Не 111Н-22 переоборудовали в самолеты-носители. «Фау-1» подвешивали под центроплан «Хейнкеля» с правого борта, зажигание осуществлялось после сброса ракеты через систему проводников, выведенных из специального гнезда в фюзеляже.
Впоследствии проводились эксперименты по доставке Fi 103 в район пуска реактивными бомбардировщиками Ar 234 «Blitz». В 1945 году двухмоторный Ar 234В осуществил ряд полетов с ракетой, которую поднимал в воздух на полужестком буксире (правда, с V 1 для испытаний сняли двигатель). Для обеспечения возможности разбега по ВПП «прицеп» оснастили двухколесной тележкой со вспомогательными крыльями. После взлета тележка сбрасывалась и опускалась на землю в планирующем полете. Однако эта схема была чересчур громоздкой и вскоре немцы усовершенствовали ее. Четырехмоторный Ar 234С предназначался для запуска Fi 103 со «спины» фюзеляжа. Ракета стояла на специальной раме в форме параллелограмма, которая поднимала ее перед запуском, выводя хвостовое оперение «Блица» из зоны воздействия выхлопных газов запущенного ракетного двигателя.