Власти сдержали обещание заботиться об ученых, при правительстве была организована Комиссия по содействию Академии наук во главе с секретарем ВЦИК А. С. Енукидзе. На первых порах Енукидзе был любезен, Комиссия рекомендовала желательные правительству кадровые решения в руководстве Академии, но все активнее вмешивалась в ее внутреннюю жизнь. К 1927 году время любезностей кончилось. 15 мая 1927 года в «Ленинградской правде» появилась статья журналиста Горина «Академический ковчег»: «При знакомстве с личным составом аппарата Академии прежде всего поражает в нем солидное количество бывших людей… Не только [старая] бюрократия, но и родовитая аристократия, как нам передали, пополнили своими представителями академический аппарат: тут и бывшие бароны Штакельберги, и бывшая княжна Пилкина… Наличие подбора доказывается тем… что в Академии собраны люди, родственные не только по духу… но и по крови». Он перечислял титулы, родственные связи, придворные звания, от которых у несведущего читателя темнело в глазах: в Академии работали бывшие губернаторы, прокуроры, камер-юнкеры, бароны, князья — и это на десятом году советской власти! «Аппарат Академии наук СССР не может пользоваться привилегиями экстерриториальности и не может быть ковчегом для бывших», — заключал Горин. А через две недели правительство утвердило новый устав Академии наук, который лишал ее автономии. Для того чтобы покончить с засилием «старой касты», по новому уставу почти вдвое увеличивалось число академических вакансий. «Мы хотим открыть отделение общественных наук и посадить туда настоящих ученых-марксистов, и если можно в другие отделения, то и туда. Мы хотим ввести больше свежих ученых, которые могут по-новому подойти к Академии», — пояснял Луначарский (скоро сам Анатолий Васильевич станет «свежим» академиком).
Такие планы власти вынашивали давно; одним из самых яростных врагов «старой касты» был заместитель наркома просвещения, историк М. Н. Покровский, который предлагал вообще упразднить ее Отделение гуманитарных наук или «отделаться от тех… элементов, которые уже абсолютно никакому использованию в советских условиях не подлежат». Власти не случайно начали наступление на Академию с гуманитарных наук, ведь именно эти науки формируют самосознание и мировоззрение народа. Известный историк России, академик С. Ф. Платонов так вспоминал о своих первых шагах на научном поприще: «Мы жили в новой для нас области историографии как в каком-то ученом братстве, где все исследователи дышали общими учеными интересами и жаждою народного самопознания». Историк М. Н. Покровский был убежден, что задача истории — не поиск объективной истины, что она — оружие в классовой борьбе и «наука большевистская должна быть большевистской».