Летом 1929 года в стране проходила «чистка» государственных учреждений, в накаленной атмосфере собраний звучали покаяния, исповеди, оговоры. Страницы газет заполнились заявлениями об отказе от родственников: «Я, Першин М. К., отказываюсь от отца и порываю с ним всякую связь», «Я, Зикеев Т. П., отказываюсь от отца, связь с ним порвал с 1927 года» и т. д. Комиссии увольняли людей по трем категориям, быть «вычищенным» по первой означало катастрофу: человек лишался права на работу, на бесплатную медицинскую помощь и на продуктовые карточки[79]. «Чистка» лета 1929 года стала следующим эпизодом драмы Академии наук. Председателем комиссии был прибывший из Москвы член президиума Центральной контрольной комиссии Ю. П. Фигатнер, в состав комиссии вошли сотрудники ленинградского ОГПУ. Представим себе эти собрания: зал, в котором собралась элита научной интеллигенции, и в президиуме комиссия, которая выпытывала, какие должности занимал человек до революции, получал ли царские награды, имел ли поместья. Погромщикам хотелось блеснуть эрудицией, Фигатнер спросил у биолога С. Ф. Царевского (тот в начале 20-х годов принял сан дьякона), как он, верующий, относится к материализму Дарвина. Директор Зоологического музея, профессор А. А. Бялыницкий-Бируля крикнул из зала: «Дарвин был не только верующим, но и церковным старостой своего прихода в Англии!» «Это было в Англии, но в Советском Союзе этого не допустили бы», — отрезал Фигатнер, и Царевского «вычистили» по первой категории. В июле-августе 1929 года были уволены многие сотрудники аппарата и институтов Академии наук. «Сергей [Ольденбург] не мог спать — его преследовали лица исключенных по I категории», — писала Е. Г. Ольденбург. К Ольденбургам приходил А. П. Карпинский, «бедный старик!.. говорил… что сейчас же отказывается от президентства, он не может перенести всего этого — не может выносить слез этих людей, которые идут к нему плача, просят заступничества, и он бессилен помочь! Весь красный, в слезах, со срывающимся голосом, с длинными белыми волосами».
Между тем Покровский подготовил следующий удар «старой касте»: осенью 1929 года сотрудники Центрального архива, который он возглавлял, донесли, что Академия наук скрывает материалы огромной историко-политической ценности: документы партий эсеров и кадетов, подлинники отречения Николая II и великого князя Михаила, бумаги Керенского и многое другое. Енукидзе еще в 1926 году был уведомлен о том, что в архивах Академии наук хранятся эти документы, но Политбюро воспользовалось «архивной историей» для завершения многолетней интриги, направленной против ее ученых. В октябре 1929 года в Ленинград прибыла Особая следственная комиссия в составе представителей ОГПУ Я. Х. Петерса и Я. С. Агранова, прокурора РСФСР Н. В. Крыленко и Фигатнера, которая расценила хранение архивных документов как доказательство антисоветского заговора в Академии наук. К концу 30-х годов члены этой комиссии будут расстреляны, М. Н. Покровский дождется расправы с ненавистной «старой» Академией смертельно больным, но успеет порадоваться, что теперь она «такое же научное учреждение, как и всякое другое учреждение Советского Союза». Последствия этой «победы» прозорливо определил академик Павлов. 26 декабря 1929 года он говорил на заседании в честь столетия со дня рождения физиолога Ивана Михайловича Сеченова: «Мы живем под господством жестокого принципа: государство, власть — все. Личность обывателя — ничто. Жизнь, свобода, достоинство, убеждения, верования, привычки, возможность учиться, средства к жизни, пища, жилище, одежда — все в руках государства… А у обывателя только беспрекословное повиновение. На таком фундаменте, господа, не только нельзя построить культурное государство, но на нем не могло бы держаться долго какое бы то ни было государство. Без Иванов Михайловичей, с их чувством достоинства и долга, всякое государство обречено на гибель изнутри, несмотря ни на какие днепрострои и волховстрои».