В это время шли массовые аресты ученых Отделения гуманитарных наук и сотрудников аппарата Академии наук. Отправленный в отставку С. Ф. Ольденбург тоже ждал ареста, он и его домашние ложились спать одетыми, ночью прислушивались к шагам на лестнице. Вернадский советовал Ольденбургу собрать вещи для тюрьмы, у обоих академиков уже был тюремный опыт. (Вещи, собранные для тюрьмы, годами хранились у людей «подударных» профессий, а таких профессий было не счесть. Приготовленный на случай ареста саквояж был у переводчика и поэта М. Л. Лозинского[80], а маршал Г. К. Жуков хранил свой «арестный» чемоданчик до 1957 года.) В эти тревожные дни сын Елены Григорьевны Митя вспомнил, что видел в кладовой Музея этнографии «много бумаг Милюкова и каких-то бумаг кадетов… И Сергей тоже вспомнил… Когда все бежали из Петрограда кто куда, то к нему тащили все… Решили, что ночью, когда на лестнице никто не будет ходить в Правление, то Митя пойдет и посмотрит, что там есть наверху в кладовых», писала она. Несколько ночей в квартиру тайком приносили корзины с документами и до утра жгли бумаги в печах. «Как жаль… Сколько здесь гибнет истории русского общества»; С. Ф. Ольденбург сказал Вернадскому, «что я чуть не плачу, когда жгут бумаги, т. к. здесь много ценного в историческом отношении. Вл. Ив. напал на меня — надо обязательно жечь… Если обыск будет у нас, могут пострадать многие люди… Горит, горит!» — горестно писала Е. Г. Ольденбург.
Особая следственная комиссия наметила контуры политического дела, а «творчески развить» его предстояло ленинградскому ОГПУ. Питерские чекисты стремились подготовить громкий судебный процесс, где подсудимыми станут известные ученые, среди которых четыре академика — историки С. Ф. Платонов, Е. В. Тарле, Н. П. Лихачев и М. К. Любавский. Сценарий обвинения сложился не сразу, со временем «преступное» хранение документов в архивах Академии отошло на второй план, и была вымышлена антисоветская организация «Всенародный союз борьбы за возрождение свободной России», в которую якобы входили ученые. «Всенародный союз» готовил государственный переворот, восстановление монархии, и академики уже распределили министерские посты в будущем правительстве. Фантазия чекистов не знала пределов: заговорщики были связаны с правительствами Германии, Франции и с Ватиканом; Германия готовила 100-тысячную армию для захвата Ленинграда, к ней должна была присоединиться французская авиация, а все расходы на военную кампанию брал на себя Ватикан, потому что «Всенародный союз» обещал папе ввести в России церковную унию. В Академии якобы действовали немецкие шпионы и военная организация из сотрудников — бывших офицеров, державшая склады оружия в Институте русской литературы (Пушкинском Доме) и в Гатчинском дворце-музее. Роль главы «Всенародного союза» ОГПУ предназначило академику С. Ф. Платонову, который был известен политической приверженностью к монархизму.