«Красная газета» писала в день похорон председателя ПЧК: «Сотнями будем мы убивать врагов. Пусть будут это тысячи, пусть они захлебнутся в собственной крови. За кровь Ленина и Урицкого пусть прольются потоки крови — больше крови, столько, сколько возможно». 5 сентября Совет народных комиссаров издал постановление о «красном терроре». В Петрограде он начался в день гибели Урицкого. Президиум Петросовета приказал «организовать аресты среди буржуазии, офицерства… студенчества и чиновничества… обыскать и арестовать всех буржуа, англичан и французов». 1 сентября, когда на Марсовом поле звучали свирепые речи, Зиновьев обвинял англичан, в здание английского посольства уже входили чекисты. Посол Великобритании Бьюкенен и большинство служащих за несколько месяцев до этого покинули Россию, и в посольстве осталось лишь несколько сотрудников. Вторжение чекистов напоминало бандитский налет. Морской атташе капитан Кроми встретил их выстрелами и был убит, а чекисты продолжали стрельбу. В суматохе палили в своих: начальник комиссаров и разведчиков ПЧК Геллер ранил следователя Бортновского, свои подстрелили комиссара Шейнкмана. Когда стрельба стихла, чекисты изъяли документы посольства и арестовали всех находившихся в здании. В Англии не забыли этой истории: там было проведено расследование по делу убийства Кроми, а в 1926 году в СССР прибыла миссия, «чтобы получить принадлежащие английскому правительству мебель и вещи, секвестированные советским правительством в 1918 году». Никаких доказательств причастности англичан к покушению на Урицкого не было найдено. Их не могло быть, Каннегисер действовал самостоятельно, в одиночку.
Но в Петрограде шли аресты его «сообщников». Взяли всех, чьи имена были в его записной книжке, многих жителей дома, в котором он пытался скрыться, и несколько сотен людей, никогда о нем не слышавших. Количество задержанных росло, но их недолго держали в тюрьмах. В первые несколько дней в городе было расстреляно 512 человек. «В Кронштадте, — свидетельствовал историк Мельгунов, — за одну ночь было расстреляно 400 чел[овек]. Во дворе были вырыты три большие ямы, 400 человек поставлены перед ними и расстреляны один за другим». Один из арестованных, генерал А. А. Сиверс, впоследствии рассказывал, что в камере тюрьмы Трубецкого бастиона Петропавловской крепости было несколько англичан. «На третий день людей из камеры стали партиями куда-то уводить. Когда осталось лишь несколько человек, старший из англичан сказал: „Мы люди разных национальностей, друг друга не знаем, но у нас есть одно общее — молитва Отче Наш. Давайте же споем ее вместе!“ Молитву спели, обнялись и через полчаса были выведены на мол, врезающийся в Неву. Перед молом стояли баржи, в которые грузили людей для отправки в Кронштадт… Вдруг раздалась команда: „Те, кто не военные, отойдите в сторону!“» Многие из тех, кого отправляли в Кронштадт, были утоплены в Финском заливе — не случайно для перевозки узников были выбраны барки-«грязнухи» с раскрывающимся дном.