Потом были этапы становления ВКР на постсоветском пространстве, – в современной России – МБ, ФСБ РФ. В настоящее время центральным органом военной контрразведки является Департамент военной контрразведки.
Военные чекисты принимали активное участие в обезвреживании тайных врагов Советской власти с ориентацией на шпионскую и диверсионно-террористическую деятельность – Сиднея Рейли, Роберта Брюса Локкарта, Бориса Савинкова и др.
Такие операции, как «Синдикат» и «Трест», тоже не обходились без участия военных контрразведчиков.
Прошло полтора года после революции. Советская Россия была охвачена пламенем братоубийственной Гражданской войны и военной интервенции. Дзержинский как никто понимал, что в это тяжелое время для страны острие чекистского меча должно быть направлено на борьбу против подрывных акций противника внутри Красной Армии. Поэтому он подписывает ряд приказов об усилении аппаратов Особых отделов даже за счет сокращения и расформирования некоторых территориальных органов ВЧК. Укрепление чекистских органов в армии приобретало большое значение в условиях надвигающейся войны с белополяками.
Время для молодой Красной Армии было тяжелым. Так, штабы войск, оборонявших Пермь, оказались засоренными чуждыми элементами. Некоторые военспецы скрытно помогали врагу. В частности, они спровоцировали переход одной бригады и кавалерийского полка на сторону противника. Выяснилось, что на колчаковскую разведку работали начальник автослужбы штаба армии бывший царский полковник Каргальский и некоторые сотрудники его аппарата, а также одна из штабных машинисток. Они срывали дело снабжения и пополнения войск. Некоторые армейские части по неделе не получали продовольствия, зато в других скапливались большие запасы продуктов питания. Красноармейцы обмораживали ноги в окопах, а на армейских складах лежало 7000 пар валенок.
Начальник отдела военных сообщений армии Стогов при эвакуации Перми заполнил эшелоны всякой рухлядью, но оставил белым 20 железнодорожных составов с боеприпасами и обмундированием, не организовал вывоз из города раненых красноармейцев.
В начале 1919 года Особый отдел Реввоенсовета Туркестанской республики вместе с местной ЧК раскрыли офицерский заговор в Ташкенте. В числе его главарей были царские генералы Кондратович, Джунковский, полковник Осипов, поручик Ботта и другие. Фактически же заговором руководили и снабжали деньгами начальник английской военной миссии в Ташкенте Маккэрней и консул США Трэдуэлл. Мятежники захватили ряд правительственных учреждений, телефонно-телеграфную станцию, разоружили местную милицию. Ташкентские и армейские чекисты с оружием в руках участвовали в подавлении мятежа. Через три дня он был подавлен.