Большие организационно-штатные изменения в ВКР происходили в тридцатые годы. Так, в 1934–1938 гг. военная контрразведка, как Особый отдел – 5-й Отдел, входит в состав Главного управления государственной безопасности (ГУГБ) НКВД СССР.
23 мая 1936 года было объявлено Положение об Особых отделах ГУГБ НКВД СССР, согласно которому для сотрудников ОО корпусов, флотов, особых отделений дивизий, бригад, укрепрайонов, флотилий устанавливалась форма одежды и знаки различия военно-политического состава соответствующих родов войск согласно присвоенным им специальным званиям органов госбезопасности.
В марте 1938 года с упразднением ГУГБ на базе 5-го Отдела создается 2-е Управление (Особых отделов) НКВД СССР, а уже в марте 1938 года Особый отдел воссоздается, как 4-й Отдел ГУГБ, в подчинении которого находились Особые отделы (ОО) в РККА, РККФ и в войсках НКВД.
Данное положение оставалось до 1941 года, когда ВКР на короткое время перешла в ведение Наркомата обороны (НКО). На базе ОО ГУГБ НКВД было образовано 3-е Управление НКО. С мая 1941 года сотрудникам ОО стали присваивать звания политсостава РККА. Однако после возвращения ВКР с августа 1941 года в состав НКВД особистов вновь принялись переаттестовывать на спецзвания ГБ.
Директивой 3-го Управления НКО от 27 июня 1941 года о работе в военное время определялись следующие задачи:
1. Агентурно-оперативная работа:
– в частях Красной Армии,
– в тылах, обеспечивающих действующие на фронте части,
– среди гражданского окружения.
2. Борьба с дезертирством.
3. Работа на территории противника.
С учетом соблюдения режима секретности 13 июля 1941 года приказом НКО СССР и НКВМФ СССР было введено «Положение о военной цензуре воинской почтовой корреспонденции».
На укомплектование органов цензуры были направлены более 900 контролеров. В системе 3-х управлений НКО и НК ВМФ были образованы отделения военной цензуры.
17 июля 1941 года образуется Управление особых отделов НКВД СССР, просуществовавшее до 19 апреля 1943 года, когда было создано легендарное Главное управление контрразведки (ГУКР) «Смерш» с передачей его в ведение НКО СССР.
3 мая 1946 года ГУКР «Смерш» НКО СССР было снова реорганизовано в ОО МГБ.
С образованием в марте 1954 года Комитета государственной безопасности (КГБ) при СМ СССР военная контрразведка была переименована в 3-е Главное управление КГБ. Перед ВКР была поставлена задача проведения комплекса контрразведывательной работы в Советской армии и Военно-Морском Флоте.
Значительным событием в жизни КГБ, в т. ч. и военной контрразведки, явилось «Положение о Комитете государственной безопасности при Совете Министров СССР и его органах на местах». Положение действовало до 1991 года.