Проводимая работа по образованию МБВД широко не афишировалась, поэтому для большинства чекистов такое решение стало пугающей неожиданностью. Горько шутили, что теперь всем надо обзаводиться милицейскими свистками. Я не видел трагедии в совместной с милицией работе. Еще с прокурорских времен у меня был определенный опыт взаимодействия с системой внутренних дел. Я знал и ценил трудную и многогранную деятельность сотрудников милиции. Никогда не демонстрировал наше привилегированное положение «белых перчаток» по сравнению с «черной» работой МВД. С теплотой вспоминаю слаженную работу на Украине с министрами внутренних дел Иваном Дмитриевичем Гладушем и Андреем Владимировичем Василишиным, прекрасными людьми, с которыми у меня сложилось полное взаимопонимание. Как-то в кругу сослуживцев Василишин высказался, что «Н. М. — единственный председатель КГБ Украины, который не направил в ЦК ни одного доноса на министра внутренних дел». Так и было.
Определенные политические круги выступили против образования объединенного министерства из-за опасений того, что в итоге может родиться громоздкий и слабо контролируемый организм силовой составляющей президентской власти. К их возражениям присоединили свои голоса некоторые депутаты и Конституционный суд страны, который признал указ Ельцина неконституционным.
Ельцин не стал противиться решению Конституционного суда. В январе 1992 года он объявил об образовании Министерства безопасности РФ, открывшего новую страницу в истории органов государственной безопасности суверенной России. Указом Президента министром безопасности Российской Федерации назначался Баранников, его заместителем в числе других — и автор этих строк.
Штаты МБ составляли 105 тысяч военнослужащих и гражданских сотрудников. После вхождения Пограничных войск численность увеличилась на 240 тысяч военнослужащих в зеленых фуражках. Уже тогда обострилась проблема с квалифицированными кадрами из-за отсутствия каких-либо льгот и преимуществ при прохождении службы, непрерывных реформирований и низкой заработной платы, слабой социальной защищенности сотрудников органов государственной безопасности.
Баранников быстро освоился с основными задачами и оперативной обстановкой в стране. С подчиненными общался доступно, объяснялся на профессиональном языке, проявлял особое уважение к сотрудникам, прошедшим низовую работу, начинавшим работать, как он выражался, «на земле».
За короткое время были сформированы органы безопасности в более чем 80 субъектах федерации, автономных республиках, краях и областях, обновлены их функции и руководящий состав. Территориальные органы осознавали особую ответственность за надежное обеспечение безопасности в своих регионах, трудились напряженно и со знанием дела.