Глава правительства Гайдар в своих воспоминаниях отмечал, что было особое место, требующее постоянного внимания российских органов власти, — Таджикистан. В 1992 году там нарастал хаос, постепенно переходящий в открытую гражданскую войну. Русскоязычное население бежало из охваченной беспорядками республики, но в ней оставались российские пограничники и 201-я армейская дивизия. «Принимаю решение вылететь в Душанбе, на место, самому». Многое сумел увидеть на горном Памире Гайдар, но не многое сумел сделать для улучшения положения российских пограничников, несущих службу на горячей таджикско-афганской границе. Там продолжалось оставаться плачевное состояние: пограничники по-прежнему ходили в изношенной обуви, получали нищенскую зарплату, отсутствовало нормальное материальное и техническое обеспечение, при этом они постоянно находились в напряженных боевых условиях. В Таджикистане в неравном бою с афганскими бандитами погибли 23 пограничника героической 13-й заставы Московского отряда. Всю вину за эту трагедию Президент Ельцин возложил на Баранникова и Шляхтина (командующего Погранвойсками, который находился в США в тот период) и обоих уволил с занимаемых должностей. После этого мне пришлось полностью ощутить на себе трудности в управлении войсками и организации пограничной службы.
Командование приняло решение готовить для Президента ежедневную оперативную сводку о положении на границах России. Не хочу скрывать, что постоянным информированием хотел себя подстраховать: документ, как говорится, не костыль, но на него в определенных случаях можно опереться.
На должность командующего Погранвойсками предлагалось несколько прекрасных кандидатов. У каждого были свои достоинства и недостатки. Один не имел опыта руководства пограничным округом, другой не прошел боевого крещения, своего Афганистана. На вопрос Ельцина, почему затягивается назначение командующего Погранвойсками, я отвечал, что нынешняя государственная граница вовсе не советская — дружбы и добрососедства, в ряде мест она сражающаяся и требующая военной защиты. Поэтому у меня возникла идея обратиться в Министерство обороны.
— Вы советовались с Грачевым? — спросил Президент, согласившийся с мнением назначить кадрового военного.
— С министром обороны по этому вопросу не говорил, не согласовав прежде с Вами.
— Может, назовете мне возможного кандидата?
Я назвал Андрея Ивановича Николаева, имевшего блестящую командно-штабную подготовку, 44-летнего генерал-полковника, первого заместителя начальника Генерального штаба. Во время моего пребывания на Украине он был командующим 1 — й гвардейской армией, дислоцированной в Чернигове. После назначения Николаева активизировалась разработка и реализация новой концепции охраны государственной границы России, ряда государств СНГ, где оставались командные структуры и российский офицерский корпус Погранвойск. Обстановка в Пограничных войсках стала существенно улучшаться.