Доминирующим фактором в деятельности ранее дружественных СССР разведывательных сообществ Польши, Венгрии, Румынии стало их явное стремление интегрироваться в блок НАТО, а разведслужб стран Балтии — получать информацию о воинских и военно-морских силах, планах российского руководства по отношению к бывшим союзным республикам: Литве, Латвии, Эстонии. Правительства указанных государств с помощью американских советников стали создавать собственные спецслужбы — департаменты разведки и контрразведки, службы защиты конституции.
Федеральная служба контрразведки образовывалась на новой организационно-штатной структуре. Численность личного состава сокращалась вдвое, чем в МБ, и устанавливалась в количестве 75 тысяч человек, включая научные, технические, медицинские вспомогательные службы, и это — на всю страну. Ведь ФСК — это не только центральный аппарат, но и органы управления в более чем восьмидесяти субъектах Российской Федерации.
Функция ведения предварительного следствия и представляющее ее следственное управление упразднялись; «Лефортово» и имевшиеся на местах изоляторы предварительного заключения передавались в другие ведомства; мобилизационно-эксплуатационное управление по обеспечению жизнедеятельности руководства страны на особый период (бывший 15-й главк) переходило в подчинение Администрации Президента РФ.
Из ФСК были выделены в самостоятельную структуру Пограничные войска, против чего я протестовал особенно резко.
Надо прямо сказать, что любые изменения в системе органов государственной безопасности, сокращение или увеличение полномочий, перестановки кадрового состава всегда носят болезненный характер. Эти реформы отражаются на общей эффективности работы, морально-психологическом состоянии личного состава. Отрицательные последствия зачастую бывают непредсказуемыми, непредвидимыми и финансово-затратными.
В сложившихся условиях трудно решаемыми становились определение государственной линии и оперативных задач в деле обеспечения безопасности страны, подготовка и рациональная расстановка кадров. Не всякий сотрудник, даже самый подготовленный, может быстро освоить новое направление деятельности. Специфика оперативной работы многообразна, в подразделениях органов госбезопасности работают специалисты разносторонних знаний и сотен профессий. Даже имея прекрасную подготовку, вершин разведывательного или контрразведывательного мастерства достигали немногие. Поэтому создание структуры государственной безопасности страны требует и времени, и серьезных профессиональных знаний, и навыков оперативного состава, а также умелого руководства.