Лишение волевым порядком ФСК права ведения следствия повлекло за собой передачу уголовных дел (свыше двух тысяч) в органы прокуратуры. Для ведения таких дел стали срочно создаваться специальные отделы в военной прокуратуре, куда перешла небольшая часть следователей. Большинство следователей органов госбезопасности отказались переходить в штаты прокуратуры или МВД, предпочли уволиться. Все это отрицательно сказалось на дальнейшем ведении следствия, многие уголовные дела, находившиеся в компетенции и производстве органов безопасности, не были доведены до логического конца или элементарно загублены. Получалось, как всегда в России: ликвидировали в ФСК и вынуждены параллельно создать в прокуратуре или в МВД. В президентском окружении находились советники, которые считали, что следствие в органах госбезопасности не нужно, так как оно осуществляло репрессивные функции во времена культа личности, прославилось в борьбе с диссидентами.
Однако в ноябре 1994 года задачи следствия вновь вернулись в ФСБ с мотивировкой «для повышения эффективности борьбы с преступностью, быстрого и полного раскрытия преступлений». Трудно объяснить, какая государственная целесообразность при создании ФСК требовала ликвидации следствия, чтобы через короткое время снова восстановить.
Я начинал свою профессиональную деятельность следователем в прокуратуре, а следствие там было на порядок выше, чем в КГБ; будучи начальником Дежурной службы КГБ СССР, создавал и отвечал за организацию работы оперативно-следственных групп в составе следователя, двух оперативных работников, специалистов-взрывотехников, прикомандированных к Дежурной службе. Эти группы трудились круглосуточно, выезжая на места происшествий, имели специальные технические оперативно-следственные средства и реальную возможность, вплоть до самолета, в самое короткое время вылететь в любой уголок страны для проведения расследования.
При устранении следствия сущность ФСК как структуры приближалась к типичным спецслужбам, служба контрразведки переставала быть правоохранительным и, главное, карательным репрессивным органом.
Непрерывные изменения задач спецслужб, их дробление и последующее объединение нарушили систему обеспечения безопасности в самое сложное и тяжелое время развала СССР и становления новой России. Можно предположить, что таким образом осуществлялся поиск путей совершенствования деятельности спецслужб, оправданный и естественный при рождении российской государственности. Однако часто это были политически мотивированные шаги, направленные на уничтожение существовавшей в советское время слаженной системы безопасности и чекистских кадров, которые проходили переаттестацию через многочисленные «комиссии по благонадежности», выводились за штаты при каждой реорганизации и оставались без работы до очередного назначения и переназначения. Спецслужба постоянно, целенаправленно и сознательно разрушалась, реорганизовывалась, что создавало условия для разграбления страны, всесилия коррупционной чиновничьей власти.