Выполняя директивы партии и правительства, чекисты оказывали всемерную помощь республиканским, областным и районным комитетам партии в организации боевой деятельности партизанских отрядов и соединений на временно оккупированной территории страны. Так, с помощью действовавшей на территории Белоруссии оперативной группы «Местные» под командованием С. А. Ваупшасова было организовано 10 партизанских отрядов, которые затем выросли в партизанские бригады. За время боевой деятельности этого партизанского соединения в семи районах Белоруссии была восстановлена Советская власть. Партизаны пустили под откос 186 эшелонов с живой силой и техникой врага, уничтожили 32 цистерны с горючим, 11 автомашин, 69 танков, 28 орудий, 6 бронемашин. Они разгромили 16 полицейских участков, 31 волостную и одну городскую управу.
Оперативные группы органов государственной безопасности проводили большую работу и в оккупированных немецко-фашистскими войсками странах — Польше, Чехословакии, Австрии, а также на территории самой Германии.
На территории Чехословакии действовало около 30 оперативно-чекистских групп, которые взрывали коммуникации, средства связи и военные объекты гитлеровцев, освободили из плена много советских людей, а в 1944—1945 годах поддержали Словацкое и Пражское народные восстания.
Действуя в тылу врага, чекисты показывали пример стойкости, мужества и отваги. Против партизанского отряда под командованием капитана государственной безопасности В. А. Молодцова, обосновавшегося в катакомбах оккупированной Одессы, гитлеровцы бросили большие силы, применяли газы, отравляли воду в колодцах, замуровывали выходы из катакомб. Несмотря на невероятные трудности, отряд в течение семи месяцев 1941—1942 годов вел активные боевые действия против врага. Он собирал и передавал в Москву ценную разведывательную информацию, отвлекал на себя значительные силы противника, нанося ему большой урон.
За образцовое выполнение специальных заданий в тылу противника и проявленные при этом отвагу и героизм Молодцову Владимиру Александровичу было присвоено звание Героя Советского Союза.
Легендарные подвиги на фронте «тайной войны» совершил Герой Советского Союза Николай Иванович Кузнецов. Выполняя задания Родины в составе оперативной группы «Победители», которой командовал Д. Н. Медведев, Н. И. Кузнецов достиг исключительных результатов. Он уничтожил главного фашистского судью на Украине Функа, заместителя гауляйтера Украины генерала Кнута, вице-губернатора Галиции Бауэра, видного нацистского чиновника Шнайдера, совершил покушение на Даргеля — заместителя имперского комиссара Украины Коха по политическим делам. С помощью партизан Н. И. Кузнецов похитил командующего фашистскими особыми войсками на Украине генерала Ильгена. Разведывательные сведения, добытые Кузнецовым, получали высокую оценку советского Верховного командования. Героическая жизнь Н. И. Кузнецова трагически оборвалась весной 1944 года.