К середине 20-х годов XX в. халифатское движение уже шло на убыль, Маудуди начал разочаровываться в национализме.
Интересен тот факт, что Маудуди не поддержал идею создания независимого мусульманского государства на территории Индостана. Созданная им в 1941 г. партия «Джамаат-е ислами» выступила против Лахорской резолюции Мусульманской лиги, призывавшей к созданию независимого мусульманского государства. По его мнению, мусульмане Индии не были нацией ни по своей этнической принадлежности, ни по языку, культуре и даже приверженности исламу. Мусульмане в его понимании были общиной, отличавшейся от остальных лишь степенью своей приверженности идеям, изложенным в Коране и Сунне.
Маудуди считал, что мусульмане уязвимы не столько из-за внешних факторов, таких как британский империализм или давление со стороны немусульманского большинства, сколько из-за того, что они отклонились от праведного пути, предписанного Богом. Единственным возможным решением проблем индийских мусульман, таким образом, является их духовное перерождение через возврат к подлинным исламским ценностям, создание праведного общества, «государства ислама», того, что сам Маудуди называл «салих джамаат». Другими словами, лучше отложить на неопределенный срок обретение независимости, чем создать независимое государство, основанное не на исламских принципах.
«Государство ислама», утверждал Маудуди, – это не национальное, а идеологическое государство, построенное исключительно на принципах и идеях. В этом идеологическом исламском государстве не имеют значения племенные, расовые и прочие различия между людьми; достоинства людей следует оценивать лишь мерой их благочестия.
Лидеры значительно более популярной и влиятельной партии «Мусульманская лига», в свою очередь, считали, что позиция, занимаемая «Джамаат-е ислами», направлена на создание раскола между мусульманами по вопросу о Пакистане, так как приравнивает отказ от участия в борьбе за независимый Пакистан к предательству интересов мусульман субконтинента и переходу на сторону Индийского национального конгресса.
С разделом Индии и созданием двух независимых государств в 1947 г. диспут между «Джамаат-е ислами» и «Мусульманской лигой» разгорелся с новой силой. «Джамаат-е ислами» распалась на две отдельные партии: пакистанскую и индийскую. Сам Маудуди в течение нескольких лет до раздела проживал на территории, отошедшей к Пакистану, здесь он предпочел остаться и после. Не будучи в состоянии повлиять на руководство «Мусульманской лиги» и вынудить его отойти от своих националистических позиций, он сосредоточил свою деятельность на призывах к всеобъемлющей исламизации пакистанского общества.