В 1885 году в селе Себине Епифанского уезда Тульской губернии 10 (22) ноября в бедной крестьянской семье родилась слепая девочка. Она была четвертым ребенком в семье, то есть, прежде всего, лишним ртом. Еще до рождения ее, мать Наталья Никоновна решила сдать ребенка в приют в соседнее село. Однако перед родами ей приснился сон, в котором ей явилась еще не родившаяся дочь в образе небесной птицы – с человеческим лицом и закрытыми глазами.
Матрона родилась не просто слепой – она вовсе не имела глаз. Впадины глазные закрывались плотно веками, как у той птицы из сна. Мать приняла этот сон как знамение и отказалась от мысли отдать слепую девочку в приют.
О богоизбранности девочки свидетельствовало то, что во время крещения, когда ее окунули в купель – пошло благоухание и священник, что крестил ее, сказал, что «этот младенец будет свят».
Дети дразнили девочку и всячески подшучивали над ней, поэтому с детских лет Матрона сторонилась детей, а играла с иконами, которые она находила в «красном углу» дома. Ночами, когда родители спали, слепая девочка сама спускалась с печки и снимала с полки иконы. Дни она проводила в храме, сначала она ходила туда с матерью, а после стала приходить одна и отстаивать всю службу, подпевая клиросным песнопениям. От рождения девочка обладала высшей духовной силой.
«Дитя ты мое несчастное», – как-то сказала ей мать. «Это я-то несчастная?» – изумилась она, ведь сама Матрона чувствовала, что ей дано от Бога больше, чем другим.
В возрасте шести лет и окружающие начали замечать, что через ее молитвы скорбящие получают успокоение, болящие исцеляются от телесных и душевных недугов. К Матроне начали ходить и ездить посетители со всего уезда. В благодарность за исцеление оставляли продукты и подарки. Так вместо обузы Матрона стала кормилицей всей семьи.
Как-то Матрона взяла куриное перо и полностью его ощипала, после чего спросила у матери: «Мама, видишь это перо?»
«А что на него смотреть-то, оно же все общипанное», – ответила та.
«Вот и царя нашего так же ощипают, как липку», – предсказала она будущую революцию.
В отрочестве у нее появилась возможность посетить Сергиеву лавру, Киево-Печерскую лавру, Петербург и совершить паломничество по святым местам. Дочь их барина Лидия Янькова стала брать с собою Матрону во все поездки. Так она повстречалась с Иоанном Кронштадским. Рассказывают, что после службы он велел всем расступиться и сказал: «Матронушка, иди, иди ко мне. Вот идет моя смена, восьмой столп России».
Барину Янькову она посоветовала все продать и уезжать за границу. Но тот не внял ее совету и остался. Его имущество во время революции было полностью разграблено, а дочь его Лидия была вынуждена стать скиталицей.