Царь председательствовал на церковных соборах и выступал, таким образом, до определенной степени в качестве истолкователя религиозной догматики и установлений церковной жизни (см., например, материалы Стоглавого собора 1551 г., где Иван IV задавал собору каверзные вопросы, имевшие по существу обвинительный характер). Известны случаи, когда между светской властью и церковью возникали споры относительно ритуала (Иван III и митрополит Геронтий спорили о том, как правильно совершать крестный ход— по солнцу или против солнца>[699]). Василий III пригласил Максима Грека для исправления церковных книг, а Иван IV даже вступал в прямую религиозную полемику с протестантским пастором из Ливонии, Рокитой («министр збора братьев чешских»), иезуитом Антонио Поссевино, обменивался посланиями относительно вопросов веры и с польским королем. Значительную часть его полемики с Курбским также составляет религиозная проблематика.
Одним из принципиально важных византийских приобретений в области государственного строительства представляет собой концепт взаимоотношений между верховным правителем и Церковью, согласно которому Церковь и царь находятся во взаимодополняющих, «симфонических» отношениях. Одной из основных функций российского царя была защита православия и православных от ересей и иноверцев, забота о материальном благополучии церкви. Церковь же была обязана молиться за православного царя (точно так же, как она раньше молилась за хана) и идеологически обеспечивать его начинаниям поддержку подданных, используя для этого созданную веками пропагандистскую и материальную инфраструктуру.
Тем не менее, реальная динамика взаимоотношений царя и церкви отнюдь не исчерпывается идеалом «симфонии» (гармонии), поскольку и царь, и церковь обладали своими специфическими интересами, зачастую интерпретировали те или иные события по-разному, что создавало конфликтные ситуации достаточно часто. Так, низложение светской властью новгородских архиепископов было делом вполне обычным. В 1539 г. боярами без ведома еще не вошедшего в силу Ивана IV был низложен московский митрополит Даниил (за то, что он был «во едином совете» с Иваном Вельским), был сослан его преемник Иоасаф. За сравнительно короткий период существования царской власти также фиксируется несколько серьезнейших кризисов в отношениях царя и высшей духовной власти: в 1566 г. удалился в монастырь митрополит Афанасий, который, вероятно, добивался отмены опричных порядков; активное противодействие опричнине митрополита Филиппа (Колычева), который неоднократно отказывал Ивану IV в благословении, привело к его смерти — Малюта Скуратов задушил его; в 1586 г. митрополит Дионисий был лишен сана за противодействие Борису Годунову; в 1605 г. Лжедмитрий I низложил первого русского патриарха Иова (правда, при этом низложение было оформлено решением собора по всем правилам), патриарх Игнатий Грек был низложен сразу же после убийства своего покровителя Лжедмитрия I; патриарх Гермоген, несмотря на все старания «семибоярщины», низложен и осужден не был, но был сведен с патриаршего двора и умер в заточении в 1612 г.; патриарх Никон, в служебнике 1655 г. именуя себя вместе с Алексеем Михайловичем «богоизбранною, благочестивою и богомудрою двоицею», обосновывал тезис о превосходстве духовной власти над светской