14 (26) октября Наполеон приказал армии отступить на Боровск – Верею – Можайск. В результате бой за Малоярославец оказался для французов напрасным и лишь задержал их отступление. Из Можайска французская армия возобновила движение к Смоленску той самой дорогой, по которой наступала на Москву.
Кутузов, не зная о решении Наполеона отступать, также отступил к Полотняному Заводу с целью прикрыть дорогу на Калугу через Медынь (здесь, как известно, произошло небольшое сражение).
В целом, бой под Малоярославцем показал техническую и моральную готовность российской армии к генеральному сражению, стало понятно, что «без нового Бородина императору в Калугу не пройти». Так, по состоянию на 22 октября войска Кутузова в Тарутино насчитывали около 97 тысяч регулярных войск и 20 тысяч казаков с 622 орудиями. К этому необходимо добавить еще и 10 тысяч ратников ополчения. Непосредственно под Малоярославцем Кутузов располагал более 90 тысяч солдат и 600 орудий.
У французского императора было до 70 тысяч солдат под ружьем. При этом артиллерия в 360 орудий была значительно слабее российской, боезапаса хватало только на одно генеральное сражение. Говорить же о возможности дальнейшего противостояния с российской армией можно было, только имея приблизительно сопоставимую по численности армию. Вместе с тем атаковать укрепленную позицию превосходящего силами противника без достаточного количества артиллерии и с конницей, значительно ослабленной из-за недостатка фуража, было бы самоубийственно.
Согласно рапорту командира корпуса Евгения Богарне потери с французской стороны составили 3 500 человек. Сегюр подтвердил эту цифру, сообщая о 4 тысячах потерь. Шамбре, который был обычно точен в цифрах, сообщил о потерях в 6 тысяч человек.
Соответственно в своем рапорте русский главнокомандующий указал число потерь своей армии в 3 тысячи человек. Однако в сводной ведомости потерь 1-й армии указаны 6 665 человек (1 282 убитых, 3 130 раненых, остальные пропали без вести). Много солдат погибло во время пожаров в городе. Известно, что большие потери понесли ополченцы, которые, однако, нигде не учитывались. Таким образом, потери с российской стороны составили не менее 7 тысяч человек. Количество пленных, как обычно, было незначительным с обеих сторон.
Сражение под Малоярославцем было крупной стратегической победой российской армии, которая завладела инициативой и не допустила выхода противника в южные губернии, потому что если бы Наполеону удалось захватить Калугу, то, в крайнем случае, французская армия могла бы пробиться в Украину и таким образом превратить, по сути, отступление во фланговый марш. Фактически без масштабной битвы Кутузов вынудил противника к отступлению по разоренной Смоленской дороге. Как вскоре стало очевидно, это имело для французской армии фатальные последствия, прежде всего, из-за острых проблем со снабжением.