При этом Комиссия Временного Литовского правительства делилась на 7 комитетов (отделов), в которых председатели назначались указом императора. Отдельно необходимо обратить внимание на порядок следования (по важности) этих комитетов:
– продовольствия и магазинов (председатель – бывший литовский маршал Станислав Солтан);
– полиции (председатель – бывший литовский обозный Карл Прозор);
– финансов (председатель – граф Иосиф Сераковский);
– военный (председатель – князь Александр Сапега);
– судейский (председатель – бывший подкоморий граф Франциск Иельский);
– внутренних дел (председатель – граф Александр Потоцкий);
– народного просвещения и религии (председатель – ректор университета Ян Спедетский).
Избрание этих людей на должности руководителей современники называли не совсем удачным. Так, в расчет брались их бывшие заслуги, должности, родовитость и имущественное состояние. Это были «добрые поляки» и заслуженные люди, по преимуществу зрелого возраста, ветераны гражданской службы, участники Большого сейма, знакомые и друзья известного польского деятеля Тадеуша Костюшки, которые отошли от общественной работы в последние годы. При этом им не хватало энергии, знания реальных условий в стране, особенностей французской административной системы. Историк Н. Кукель писал: «Не было в Вильно человека, который был бы не только авторитетом, но и вдохновителем, не только организатором, но способным к смелой импровизации. Не мог его преградить хотя разумный и очень преданный польскому делу Марэт или князь Басана, министр иностранных дел, который пребывал в Вильно все время кампании, или прочно связанный с Польшей императорский комиссар борон Биньон, а тем более назначенный генерал-губернатором голландец генерал Хогендорп с его административной практикой на Яве и колониальным опытом отношений к полякам. Чудо могло бы сделать появление Костюшки с магией его имени, но тот на приглашение Наполеона отказался, несмотря на его деспотизм, хоть и желал, «чтобы загнали россиян вплоть до Сибири».
Генеральным секретарем комиссии был назначен Иосиф Коссаковский. Сначала Михаил Ромер стал мэром Вильно, а 16 сентября его сменил Ян Хорайн. При этом у мэра города было 4 помощника и 12 членов муниципалитета. Переведенный из Варшавы барон Биньон занял должность комиссара при Временном правительстве.
«Преувеличивая силы и влияние виленских политических мечтателей, – писал историк начала ХХ в. Ю. В. Татищев о Наполеоне, – он бросил им игрушку, которая была ему даже частично полезная, поскольку за разрешение крутить ее в руках и услаждаться ее призрачным блеском Литва должна была дать ему все, что он от нее требовал». Действительно, образовав Комиссию Временного правительства Литовского княжества, Наполеон, как уже указывалось, не присоединил Литву к Польше, а создал для нее отдельные органы управления. Соответственно, это очень разочаровало поляков, однако так нужно было французскому императору. Как правильно отмечал Е. Тарле, это «означало, что он не хочет делать ничего, что могло бы в данный момент помешать миру с Александром».