Возвращаясь к пребывании Жомини на должности военного губернатора Вильно, следует отметить, что, по воспоминаниям современников, работа гражданских органов была не очень слаженной и эффективной. В частности, генерал Тьерри ван Хогендорп писал: «Они ничего не делают». Вследствие этого Наполеон принял решение, что «власть военная и власть гражданская должны быть совмещены», и 24 августа Хогендорп был поставлен во главе Временного литовского правительства.
С целью повышения поддержки со стороны местного населения было подготовлено несколько воззваний. В одном из них указывалось следующее: «Правительством приняты меры для того, чтобы восстановить порядок и облегчить ваше положение, но чтобы достигнуть этого, необходимо, чтобы и вы приложили к этому свои старания…» При этом объяснялись и некоторые обстоятельства войны: «Вражда императора Наполеона с императором Александром до вас не касается: ваши обязанности будут состоять лишь в том, чтобы наблюдать за благоденствием города».
Относительно реальной практической деятельности отдельных комитетов Комиссии Временного правительства следует отметить, что система управления, построенная по принципу коллегиальности, была в определенной степени довольно хорошо продумана и закончена, но не имела достаточно реальных сил, на которые могла бы опираться при выполнении своих задач.
Необходимо констатировать, что уровень самостоятельности в деятельности и полномочиях Комиссии Временного правительства был низким. Прежде всего, это было связано с тем, что над ней существовал постоянный контроль французов. В частности, опекуном (протектором) являлся сам Наполеон, который определил, согласно предложению А. Сапеги, ее состав. При Комиссии также находился императорский комиссар Биньён, бывший французский резидент в Варшаве. Французский историк А. Вандаль давал ему следующую характеристику: «Это был маленький человек, очень деятельный, живой, резвый, высокообразованный и шибко рачительный, всей душою преданный служению императору и его славе». Императорскому комиссару подчинялся интендант, который был при административной комиссии департамента. Разные французские чиновники были при городских и уездных властях Великого княжества Литовского (ВКЛ).
Но несмотря на довольно точное разграничение правительственных функций, управление страной было крайне неудовлетворительно. Вот как объясняет это участник военных действий, полковник де Марбо (которого нельзя заподозрить в недоброжелательстве по отношении к полякам): «необходимость поддерживать порядок в местностях, занимаемых нашими войсками, побудила императора учредить должности префектов и подпрефектов, на которые были избраны образованные поляки. Но служебная деятельность этих лиц не принесла ровно никакой пользы. Полное равнодушие литовских поляков происходило главным образом оттого, что все эти великодушные поляки, беспрестанно твердившие о свободе, держали своих крестьян в самом суровом рабстве. Крупные землевладельцы опасались, что французы их освободят, а потому из расчета держали сторону русского правительства, обещавшего не нарушать их владельческих прав». Собственно, в этих словах и кроется объяснение недоброжелательного поведения местных помещиков, связанное не с патриотическими побуждениями, а мотивами личной экономической выгоды.