Параллельно с контролем французов за литовским правительством действовало также военное управление армии Наполеона. Помимо того, в собственно гражданское управление постоянно вмешивались французские командиры и чиновники армейских частей, которые временно находились в населенных пунктах или проходили через них.
Все это вызывало недовольство литовцев и, собственно, когда военный французский генерал-губернатор граф Хогендорп стал председателем Временного правительства (24 августа), это продемонстрировало, что так называемое возрождение и самостоятельность Литовского княжества – всего лишь фарс. После этого А. Сапега заявил протест и подал в отставку. Историк Ю. Татищев писал о последствиях таких изменений: «Получился своеобразный вид государства, лишенного самого содержательного признака независимого бытия: в наличии были территория и народ, который там жил, но не было объединяющей его власти, хотя и имелись ее агенты».
Сложившаяся ситуация осложнялась и служебными перестановками в Комиссии. В частности, после снятия с должности А. Сапеги военный комитет возглавил генерал Стефан Грабовский, а во главе комитета финансов был поставлен К. Прозор. Комитет продовольствия возглавил Игнатий Тызенгауз. Военное время дополнительно усложнило социально-экономические условия работы Комиссии, ведь край был наводнен группами разбойников, отставших от войск. К тому же представители французской администрации плохо относились к членам местных органов управления, изымали денежные средства из казны и т. д.
Отдельно необходимо остановится на попытках поляков воссоздать Речь Посполитую в границах 1772 года. В частности, когда они окончательно осознали, что Литва не будет к ним присоединена (случилось это после визита их депутации к Наполеону), они начали действовать самостоятельно. В частности, Совет Генеральной конфедерации писал в Комиссию Временного правительства Литовского княжества следующее: «Общий неприятель разорвал исконные нити братства и нужно нам поднять надежду, что общий освободитель возвратит его и восстановит. Покажем ему, что захватчик только господствовал над землею, а сердца не переставали всегда быть верными Отечеству, которое находилось под его всеобъемлющей опекою, и, взявшись за руки, доверием, достоинством и общим к единственной цели усилием установим единство и драгоценное дело возрождения ее». Про общие цели говорилось также и в воззвании к жителям освобожденных уездов Литвы, к которым обращались таким образом: «Мужественные литвины, соотечественники наши».