26 мая 1943 года заместителем начальника Главка был назначен полковник Иван Иванович Врадий. Помощниками начальника ГУКР были комиссар ГБ (с мая того же года — генерал-майор) Иван Иванович Москаленко, генерал-майоры Константин Павлович Прохоренко (умер в октябре 1944 г.) и Александр Петрович Мисюрев.
В состав ГУКР «СМЕРШ» с апреля 1943 года входили следующие отделы, начальники которых были утверждены 29 апреля 1943 года приказом Наркома обороны СССР И.В. Сталина:
— 1-й отдел — агентурно-оперативная работа в центральном аппарате Наркома обороны СССР (начальник — полковник госбезопасности, затем генерал-майор Иван Иванович Горгонов);
— 2-й отдел — работа среди военнопленных, проверка военнослужащих Красной Армии, бывших в плену (начальник-подполковник госбезопасности Сергей Николаевич Карташев);
— 3-й отдел — борьба с немецкой агентурой, забрасываемой в тыл Красной Армии (начальник — полковник госбезопасности Георгий Валентинович Утехин);
— 4-й отдел — работа на стороне противника для выявления агентов, забрасываемых в части Красной Армии (начальник — полковник госбезопасности Петр Петрович Тимофеев);
— 5-й отдел — руководство работой органов «СМЕРШ» в военных округах (начальник — полковник госбезопасности Дмитрий Семенович Зеничев);
— 6-й отдел — следственный (начальник — подполковник госбезопасности Александр Георгиевич Леонов);
— 7-й отдел — оперативный учет, статистика, проверка военной номенклатуры ЦК ВКП(б), НКО СССР, НКВМФ СССР, шифрработников, допуск к совершенно секретной и секретной работе, проверке работников, командируемых за границу (руководитель, полковник А.Е. Сидоров, видимо, был назначен позднее, т. к. в приказе от 29 апреля 1943 года данные отсутствуют);
— 8-й отдел — опертехники (начальник — подполковник госбезопасности Михаил Петрович Шариков);
— 9-й отдел — обыски, аресты, наружное наблюдение (начальник — подполковник госбезопасности Александр Евстафьевич Кочетков);
— 10-й отдел (отдел «С») — работа по особым заданиям (начальник — майор госбезопасности Александр Михайлович Збраилов);
— 11-й отдел — шифровальный (начальник — полковник госбезопасности Иван Александрович Чертов).
Георгий Валентинович Утехин
Также имелись политотдел, состоящий из начальника — полковника Никифора Матвеевича Сиденькова и машинистки, аппарат 16 помощников (по числу фронтов) начальника ГУКР «СМЕРШ» (69 человек, по должности — начальников отделений, старших оперуполномоченных и их помощников), административно — финансово — хозяйственный отдел (начальник — подполковник госбезопасности Сергей Андреевич Половнев), отдел кадров (начальник — полковник госбезопасности Иван Иванович Врадий) и секретариат (полковник Иван Александрович Чернов)