13 февраля 1952 г. дело Абакумова было передано из прокуратуры в МГБ СССР. 15 сентября 1954 г. Президиум ЦК КПСС по предложению. Н.С. Хрущева принял решение о проведении суда в Ленинграде в присутствии партактива.
14 декабря 1954 г. в Доме офицеров открылся процесс над Абакумовым и его подчиненными И. Черновым, Я. Броверманом, А. Леоновым, В. Комаровым, и М. Лихачевым. Абакумов категорически отверг предъявленные обвинения, утверждая, что дело против него сфабриковано и он находится в тюрьме по ложному доносу в результате происков Берии. Суд не принял во внимание эти заявления. 19 декабря Абакумов был приговорен Военной коллегией Верховного суда СССР к высшей мере наказания. Приговор был приведен в исполнение в тот же день.
К контрразведчикам относились по-разному: уважали, боялись, не любили, ненавидели. Немало лиц считало себя обиженными. Разумеется, что и к Абакумову разные люди относились по-разному. Деятельность Абакумова у многих вызывала предвзятое, недоброжелательное отношение к руководителю «СМЕРШ». Не мог Абакумов вызывать симпатию у тех, кого задел выполняя свои обязанности. В качестве примера приведем: спецсообщение В.С. Абакумова И.В. Сталину о Тимошенко А.П.
05.10.1944 № 551/А
Совершенно секретно
Государственный комитет обороны
Товарищу Сталину
При этом представляю протокол допроса арестованного Тимошенко Афанасия Прокофьевича, являющегося племянником Маршала Советского Союза С.К. Тимошенко.
ТИМОШЕНКО Афанасий сознался, что, проживая на оккупированной противником территории Одесской области, он некоторое время являлся начальником районной полиции, а затем был завербован шефом румынской жандармерии ШТЕФАНЕСКУ, по заданию которого выявлял партизан, коммунистов и лиц, враждебно настроенных против оккупантов. Незадолго до освобождения Одесской области от румынских оккупантов с ТИМОШЕНКО А.П. дважды встречался приезжавший из Бухареста офицер сигуранцы ДРАГУЛЕСКУ. Как показал ТИМОШЕНКО А.П., он сообщил офицерам немецкой и румынской разведки известные ему данные о Маршале Тимошенко.
Кроме того, ТИМОШЕНКО А.П. рассказал, что вместе с ним на оккупированной противником территории находилась сестра Маршала ТИМОШЕНКО — КУЗЮМА А.К., которая допрашивалась немцами и румынами о С.К. ТИМОШЕНКО. и так же, как и он (ТИМОШЕНКО А.П.), не подвергалась репрессиям со стороны оккупационных властей. На основании этого ТИМОШЕНКО А.П., учитывая отношение к нему румын, высказал предположение, что, возможно, КУЗЮМА А.К. также сотрудничала с румынской разведкой.
Характерно, что в мае с.г. после освобождения Одесской области КУЗЮМА А.К. приезжала в Москву к С.К. ТИМОШЕНКО и гостила у него на даче. В период пребывания на даче С.К.ТИМОШЕНКО и КУЗЮМА вели между собой продолжительные беседы, специально выходя для этого из помещения, вследствие чего зафиксировать их разговоры оперативной техникой не удалось. Об этом Вам было доложено 5 июля с.г. № 033/А. За КУЗЮМА А.К. устанавливаем агентурное наблюдение.