Разобщенность в лагере восставших была одной из главных причин их временного поражения. После упорных боев огромная правительственная армия заставила крестьянские отряды отступить.
Одновременно пекинский двор решил пойти на уступки населению в целях разложения повстанческих рядов. В 1636 г. был издан императорский декрет об амнистии всем участникам восстания, сдавшим оружие; крестьянам, вернувшимся на свои земли, власти обещали помощь. Вождям восстания правительство сулило официальные чины. Некоторые налоги и повинности отменялись. Результаты не замедлили сказаться. Менее стойкие элементы из лагеря восстания ушли из отрядов.
Вместе с тем, воспользовавшись затишьем на маньчжурском фронте в первой половине 1636 г. императорский двор снял оттуда лучшие части и перебросил их на подавление восстания. Начались тяжелые бои. Летом 1636 г. попал в окружение и был разбит отряд Гао Ин-сяна. Сам он был взят в плен, увезен в Пекин и здесь на рыночной площади четвертован. В следующем году крупная неудача постигла и Ли Цзы-чэна. С большим трудом он во главе горстки своих соратников вырвался из окружения и на некоторое время скрылся в горах в Шэньси. В 1638 г. потерпел разгром Чжан Сянь-чжун. Осознав безвыходность своего положения, он сдался врагам. Вслед за ним принесли повинную минским властям 13 других командиров больших крестьянских отрядов, в том числе и Ма Шоу-ин. В 1639 г. на сторону противника перешли 18 повстанческих начальников. 1639 и 1640 гг. характеризовались дальнейшим ухудшением положения народных масс.
Недовольство в селах и многих городах нарастало. Одно за другим вспыхивали мелкие разрозненные восстания крестьян, все чаще поднимали мятежи солдаты. На этой основе постепенно оживлялось и нарастало широкое крестьянское движение, воссоздавались повстанческие отряды. К восстанию стали примыкать отдельные представители различных слоев господствующего класса. Пламя крестьянской войны запылало с новой силой.
В повстанческий лагерь вернулись Чжан Сянь-чжун, Ма Шоу-ин и другие крестьянские главари. Спустился с гор и постепенно активизировал свои действия Ли Цзы-чэн вместе с группой своих сподвижников. В Хэнани его войско овладело 50 городами, в том числе Лояном, где жил дядя императора, самый богатый и влиятельный феодал. Толпа разорвала на части этого первого богача империи, а несметные княжеские богатства (зерно, серебро, шелк) были розданы бедным горожанам и крестьянам.
В 1641–1642 гг. огромное войско Ли Цзы-чэна трижды осаждало Кайфын. Гарнизон упорно сопротивлялся. По словам очевидца, городская стена от воткнувшихся в нее стрел стала походить на ежа. Крепость была отрезана от источников продовольствия. Голод принял потрясающие размеры. Солдаты ели кожу, латы, одежду, началось людоедство. Командование кайфынского гарнизона посылало в Пекин одного за другим гонцов с мольбами о помощи. Но императору было не до того: на севере наступали маньчжуры, в Нанкине, Шаньдуне и других местах вспыхнули массовые народные восстания. Тогда начальник обороны Кайфына приказал открыть плотину на Хуанхэ, чтобы затопить лагерь Ли Цзы-чэна. Но повстанцы успели вовремя отойти, а жители Кайфына, исключая знать, военачальников и богачей, которым удалось бежать на лодках, погибли в бурных водах реки, затопившей город.