С окончательным присоединением Карелии новая власть провела в уезде административную реформу, изменив в свою пользу условия торговли. В среде православных карел насаждалось лютеранство.[100] Резко увеличились налоги. Крестьяне переводились с денежной подати на натуральный оброк.[101] Помещики насаждали барщину, изымали и распродавали земельные участки. Карелы жаловались властям: "Десять податных крестьян раньше платили меньше, чем теперь... требуют с одного крестьянина". Местных торговцев насильственно переселяли в городки, возводимые по распоряжениям администрации.
Бегство карел из их исконных земель во внутренние территории Русского государства приобрело массовый характер. В 1627—1635 гг. в Россию переселились около 10 тыс. карел, а в середине XVII в. их число превысило 25 тыс.
Русские власти нуждались в переселенцах и охотно принимали их. Помощь оказывали, как правило, скрытно. Известны многие случаи, когда русские крестьяне укрывали карел от розыска. В 1649 г. Россия выплатила Швеции огромную сумму в 190 тыс. рублей в качестве компенсации за перебежчиков. Открытые переходы стали массовыми во время русско-шведской войны 1656—1663 гг. Только за первые два её года в Россию переселилось более 20 тыс. человек, а к концу войны в Корельском уезде осталась малая часть прежнего населения.
И правительство, и местные власти, понимая значимость переселения и выгоду от него, взяли этот процесс под контроль. Подробно изучались возможности уездов и волостей для размещения в них карельских семей. Опустевшие земли тщательно переписали в 1620—1630-х гг., и карелы под наблюдением специальных чиновников могли выбирать места проживания. Их не принуждали селиться на тех пустошах, где имелись недостаточно большие по площади или неплодородные угодья.
Карелы редко изменяли существовавшие до них названия деревень и пустошей. Обычно это переводы русских именований на карельский язык: Овсянники — Кагрушка, Хмелёвка — Гуммала, Берёзовка — Койвушка. Несколько десятков деревень с такими названиями сохранились и поныне в верховьях Мологи и Медведицы. А финские именования рек и озёр в бассейнах Мологи и Тверцы восходят ещё к эпохе первобытности.
Карелы не случайно расселились именно в Верхневолжье. Во-первых, тверские земли относились к самым обезлюдевшим. Во-вторых, более близкие к шведской границе районы казались карелам опасными из-за угрозы насильственного возвращения. В-третьих, из Приладожья шли удобные водные пути на Валдайскую возвышенность и Бежецкий Верх.
Дорога от Приладожья по Волхову и Мсте была освоена издревле. Двигаясь по ней, переселенцы оказывались в тверских землях. Двумя важными внутренними путями в Верхневолжье являлись старые дороги: одна шла от волока в истоках Тверцы и Мсты до Бежецка, а другая — от Торжка к Бежецку. Участок Новгородского тракта между Торжком и Вышним Волочком замыкал этот треугольник. Карел, осевших на тверской земле, стали называть "тверскими" или "верхневолжскими".