По правому борту за противопожарной перегородкой установлен один неподвижный синхронный пулемет MG 17 калибра 7,92 мм с патронным ящиком на 500 патронов. Пилот и наблюдатель (он же стрелок-радист и фотооператор) сидят друг за другом в общей кабине, расположенной в средней части фюзеляжа. Фонарь кабины полузакрытый, место пилота целиком застеклено, крышка фонаря при проникновении в самолет и покидании кабины сдвигается назад. Место наблюдателя почти полностью открыто. При стрельбе из заднего пулемета срелка от набегающего потока воздуха частично прикрывают лишь откидные козырьки- дефлекторы и небольшая "крышка", приподнимающаяся вверх (последняя была не вполне удобна в эксплуатации и в боевых частях обычно демонтировалась). Для обороны хвостовой полусферы разведчика служит один пулемет MG 15 калибра 7,92 мм, подвижно укрепленный у заднего среза кабины на шкворневой установке типа Arado. Боезапас пулемета - 13 съемных магазинов общей емкостью в 975 патронов. В походном положении оружие откидывается на правый борт и фиксируется в специальном желобе; стрелок при этом сидит на откидном сиденьи чуть ниже летчика. Он же обслуживает автоматический плановый фотоаппарат Zeiss Rb. Фотосъемка производится через лючок в днище фюзеляжа, прикрываемый сдвижной створкой. Также в наборе разведоборудования машины предусмотрена одна ручная фотокамера для перспективной съемки, закрепляемая в гнезде на левом борту кабины. Разноцветные линии, идущие по борту наискосок от места оператора (они обычно хорошо различимы на фотографиях "хенешелей") по направлению к носу самолета, служат для правильного определения углов съемки при работе с этой камерой.
За местом стрелка находится небольшой бомбоотсек. Штатным оснащением его служат две бомбовых кассеты, каждая на пять 10-киллограмовых осколочных бомб, при этом для использования самолета в качестве легкого бомбардировщика плановый фотоаппарат должен быть снят. В перегрузочном варианте также предусматривалась подвеска одной бомбы весом до 50 кг на съемном держателе, крепившемся на левом борту в месте соединения крыльевого подкоса и фюзеляжа. Однако в таком варианте самолет использовали нечасто: несимметричная нагрузка существенно усложняла управление и летать "с бомбой на боку" могли лишь очень опытные экипажи. Иногда при использовании машины в штурмовом варианте для устрашения противника под фюзеляжем ставили сирену (аналогичные монтировались на стойках Ju 87 - знаменитой "штуки") на небольшом пилоне, работавшую от ветрянки.
В комплект оснащения Hs 126 в обязательном порядке входит радиостанция с антенной, натянутой от довольно высокой мачты на крыле (располагалась на оси симметрии фюзеляжа) к небольшой стойке на верхушке руля направления. Рация крепится в кабине экипажа по левому борту между местами летчика и стрелка. В случае повреждения или обрыва основной антенны на самолете предусматривается использование запасной вытяжной антенны с грузилом, выпускающейся через специальную трубку внизу фюзеляжа. На Hs 126В-1 устанавливалась ультракоротковолновая радиостанция FuG 17.