Войско подчинялось военному министру через генерал-губернатора Восточной Сибири, пользовавшегося правами командира отдельного корпуса.
В военное время каждый округ выставлял соответствующую строевую часть: 6 конных полков и 12 пеших батальонов, составлявших три конные и три пешие бригады. Таким образом, Забайкальское казачье войско являлось войском, поселенным в определенных районах. Казаки жили обыкновенными поселениями, занимались в зависимости от условий местности земледелием, различными промыслами, скотоводством, но имели военное правление.
Непосредственным ближайшим начальником Забайкальского казачьего войска был войсковой наказной атаман, живший в городе Чите. По части военной он действовал через войсковое дежурство как начальник дивизии, а по гражданской — через войсковое управление как губернатор. Наказной атаман следил за боевой готовностью и боевой подготовкой войск, за порядком в войске. Наказной атаман назначал и заменял сотенных командиров, производил казаков в урядники, наблюдал за исправным несением казаками службы (в особенности пограничной) и ведением их собственного хозяйства.
Войсковое дежурство заведовало частями: инспекторскою (военная служба и личный состав), военно-ссудной и врачебной. Во главе войскового дежурства стоял дежурный штаб-офицер.
Инспекторской частью заведовал старший адъютант, военно-ссудной — аудитор, медицинской — войсковой доктор.
Войсковое правление под руководством наказного атамана ведало делами: административными, полицейскими, хозяйственными и контролем. Оно состояло из старшего члена, двух асессоров, войскового контролера и разделялось на три «экспедиции»: хозяйственную, гражданскую и контрольную.
Старший член правления назначался из регулярных штаб-офицеров, асессоры — из казачьих офицеров, а контролер — из членов государственного контроля.
Для судебного делопроизводства при войсковом управлении находился стряпчий (юрист), который назначался министром юстиции.
В 1857–1858 годах в штатах управления Забайкальского казачьего войска были внесены изменения в сторону их увеличения.
Конное войско получило во владение земли, принадлежащие русским, тунгусским, бурятским казакам; крестьянам, жившим по пограничной линии и зачисленным в казаки, а также земли Забайкальского городового полка и станичных казаков Верхнеудинского округа. Офицерам и казакам выделялось: штаб-офицеру — 400 десятин; обер-офицеру — 200; казаку — 30; церковному притчу — 99 десятин.
Офицеры пользовались наделом пожизненно. Такое неравенство в распределении земельных наделов вызывало недовольство у рядовых казаков, которое по мере улучшения жизни в казачьих поселениях все больше усиливалось, так как основной источник дохода казака был с земли. С большего надела, естественно, был и больший доход. Неравномерное распределение земли сразу ставило рядового казака в финансовую зависимость от казачьей верхушки. Земельное неравенство послужило одной из причин расслоения казачьей общины на бедных и богатых, а в годы Гражданской войны на красных и белых казаков. Обмундирование, снаряжение, коня казак должен был приобрести за свой счет из своего личного дохода, которое давало его хозяйство. Для бедных казаков, и в семьях, где рабочих рук не хватало, это было тяжелым бременем — особенно в неурожайные годы. Кроме того, богатые казаки имели возможность нанимать работников для обработки своих полей и ведения хозяйства, бедные же должны были рассчитывать только на свои силы. Наемным трудом пользовались 10,6 % казачьих хозяйств. Чтобы завести все необходимое для службы, необходимо было иметь 250–300 рублей. Такую сумму казак, нанявшийся в работники, мог заработать только за 3–4 года.