Против семей казаков, ушедших в партизаны, семеновцы развяжут кровавые карательные акции. В одном из приказов атамана Семенова Алтайскому поселковому сходу говорилось: «Потомство этих „героев“ (ушедших в партизаны) будет уничтожено, а имущество реквизировано в доход государства. Семьи, имеющие членами хоть одного большевика, будут лишаться имущества, а также всех льгот, селения сжигаться, дабы не осталось камня на камне».
Командующий американским экспедиционным корпусом назвал атамана Семенова «бандитом и убийцей».
Массовый террор, устроенный атаманом в Забайкалье, оттолкнул от него даже тех казаков, которые выступали против проведения в жизнь основного закона о социализации земли. Для пополнения своих частей Г. Семенов вынужден был прибегнуть к насильственной мобилизации в армию казаков, оставшихся в станицах. Только для наступления на Богдатскую станицу 25 сентября 1919 года атаман сосредоточил восемь казачьих полков, а к октябрю 1920 года армия его насчитывала 35 тысяч человек, 18 бронепоездов и 40 орудий. Принудительно мобилизованные части не могли противостоять войскам ДВР (Дальневосточной Республики) и в конечном итоге были разгромлены.
Таким образом, террор и насилие, развернутые атаманом Семеновым в Забайкалье, способствовали победе советской власти в области.
Другой особенностью Гражданской войны в Забайкалье являлось то, что белогвардейцы опирались на штыки японских интервентов и многие казаки из патриотических побуждений вели борьбу с ними.
После ухода интервентов и разгрома семеновской армии большинство недовольных советской властью казаков ушло в Маньчжурию вместе со своими семьями и хозяйством, следовательно, на бывшей территории войска перестала существовать социально-экономическая база «казачьей Вандеи». Впоследствии, когда советская власть стала проводить репрессии против воевавших по мобилизации у Семенова казаков и даже красных партизан, перераспределение казачьих земель на началах уравнительно-трудового пользования вызвало неприязнь к Советам, увеличилось бегство расказаченных в Маньчжурию, усилилась поддержка некоторой части населения юго-восточных районов семеновских отрядов, проникавших в область из Китая.
Мятежей, подобных тем, что на Дону, здесь не было. Продолжали борьбу против советской власти небольшие отряды казаков в пограничной зоне Забайкалья, которые именовали себя партизанами. Бывший атаман Забайкальского казачьего войска генерал Шильников по реке Аргуни основал сначала казачьи посты, после из них образовали отряды, «переходившие границу и нападавшие на советские учреждения, активистов». Особую известность получили начальники этих отрядов казаки Гордеевы, Мыльников, уничтоженные советскими частями на территории Забайкалья. Большинство партизан составляли крестьяне, казаки, разоренные Советской властью и поэтому непримиримо относившиеся к ней. Партизанские отряды из Китая формировались из людей, хорошо знающих местность и население. Они выбирали малозаселенные, труднопроходимые места, переходили на левый берег Аргуни и доходили до Нерчинска и даже до Борзи.