Выполнив задачу, отряд последовал дальше, к Благовещенску, в который прибыл 19 июля.
В то время движение по Шилке и Амуру осуществлялось только днем, так как быстрое течение, отмели, крутые скалистые берега затрудняли движение ночью, поэтому войска приставали с наступлением темноты к берегу.
2-я сотня 1 — го Нерчинского полка была отправлена в Благовещенск еще раньше на барже, идущей за пароходом «Аргунь», и после высадки охраняла берег Амура от Старого Собора до перевоза на реке Зее, содержала летучую почту, связывающую отряд полковника Печенкина за рекой Зеей.
Пока русские войска ожидали «большую воду», в станице Сретенской формировали отряды. Благовещенск готовился к отражению нападения.
1 июля начался обстрел Благовещенска из китайского города Сахаляна, стоявшего на противоположном берегу Амура. Сил для обороны города от предполагавшегося вторжения было мало. Кроме казачьей сотни, имелось еще два орудия, которые стояли на набережной и вели редкий ответный огонь из-за отсутствия достаточного количества боеприпасов. Тем не менее от огня этих двух орудий в городе Сахаляне возник пожар, была разрушена телеграфная станция.
Огонь китайцев был сильным, но беспорядочным. В городе поднялась паника не столько от оружейно-артиллерийской стрельбы, сколько из-за опасения выступления 5000 китайцев, живших в городе отдельной слободой. Благовещенская полиция, приняв решение выселить их из города, не побеспокоилась обеспечить китайских жителей лодками и плотами для переправы на сахалянский берег. В результате этой «операции» тысячи мирных людей погибли при переправе вплавь через Амур.
3 июля из-за Зеи на помощь Благовещенску прибыл отряд полковника Печенкина, который был выслан 5 июля опять на Зею, на помощь отряду полковника Генейко, отступавшего под натиском превосходящих сил противника. Казаки 2-й сотни нерчинцев вошли в отряд Печенкина и своими демонстрационными действиями, обстреливая гарнизон города Айгуна, отвлекали внимание китайцев от переправы русских войск на правый берег Амура и Верхне-Благовещенска. 22 июля Сахалян был взят русскими войсками и сожжен.
Бессмысленное сожжение города и богатых окрестных китайских деревень вызывало недоумение у амурских казаков, которые хотели поправить свои пошатнувшиеся хозяйства за счет трофеев.
Из-за почти поголовной мобилизации малочисленного Амурского казачьего войска в станицах почти не осталось рабочих рук. Один из станичных атаманов жаловался военному корреспонденту А. Верещагину, что «год нынче такой тяжелый вышел. Всех на войну позабирали. И хлеб убирать некому. Одне бабы да дети малые дома остались». Казачьи хозяйства несли убытки. Затраты на экипировку не возмещались, а нужные в хозяйстве вещи в брошенных китайских деревнях и запасы продовольствия, которые хоть как-то могли поправить дела амурских казаков, уничтожались. С тоской и болью глядели станичники на брошенный некормленный скот, бродячих без хозяев лошадей из китайских деревень.