Когда англичане подошли к форту, в котором и не догадывались о нависшей опасности, Нельсон предложил командиру отряда атаковать испанцев, используя фактор внезапности. Но тот отказался, побоявшись больших потерь, и начал методично готовиться к штурму. Так были потеряны десять бесценных дней. В это время начался сезон дождей. Люди десятками заболевали малярией.
Что касается Нельсона, то он оказался совершенно лишним: его знания военно-морского дела здесь нужны не были. Биографы пишут, что он помогал расставлять пушки. Однако и в этом роль Нельсона не могла быть значительной, ибо он обладал куда меньшими познаниями в деле осады сухопутных крепостей, чем армейские офицеры.
И снова Нельсон был рядом со смертью, когда напился воды из озерца, где плавали ветви ядовитого дерева манцинеллы. Отравление было чрезвычайно сильным, но выручили индейцы, знавшие противоядие. Когда же Нельсон немного оправился от отравления, его свалила сильнейшая дизентерия.
В это время в лагерь доставили приказ адмирала Паркера, чтобы Нельсон немедленно возвращался на Ямайку и принял под свое командование фрегат «Янус», капитан которого умер.
Нельсон покидал лагерь в самый канун штурма. Думается, что ему очень хотелось принять в нем участие, однако второй раз проигнорировать приказ адмирала он уже не решился. Здоровье Нельсона тоже оставляло желать лучшего: с почтового шлюпа на Ямайке его уже сносили на руках.
О том, как далее развивались события возле форта Сан-Хуан, пишет английский историк Г. Эджинггон: «Крепость сдалась после сражения, длившегося несколько дней, на что ушли последние силы осаждавших. Взяв город, они стали его пленниками: большая часть людей заболела смертельной желтой лихорадкой, но в форте не было никакой медицинской помощи. Вокруг была неописуемая грязь, всюду валялись трупы людей и животных. Когда наконец среди руин организовали госпиталь, не нашлось людей, способных в нем работать, и, кроме того, большая часть лекарств и медицинских принадлежностей оказалась потерянной во время перехода через джунгли. А потом даже захоронение мертвых превратилось в непосильную задачу, тела просто сбрасывали в воду или оттаскивали в джунгли, где они лежали до тех пор, пока за них не брались звери и птицы… Если схватка с испанцами продолжалась всего несколько дней, то на борьбу со страшными тропическими болезнями ушло целых пять месяцев, после чего немногие оставшиеся в живых покорились судьбе. Те пять человек, у которых каким-то образом выработался иммунитет против смертельных тропических хворей, остались в Сан-Хуане в роли символического гарнизона. Они решили охранять форт, пока испанцам не придет охота отбить его в конце сезона дождей. Итак, вся эта операция вылилась в бессмысленную потерю несчастных людей, заброшенных во враждебную страну. В джунглях погибли сотни солдат, доставленных Нельсоном на “Хинчинбруке”. Только десяток избежали смерти от “желтого Джека” и других тропических болезней. Если бы Нельсон остался с ними, его слабый, уязвимый организм скорее всего не выдержал бы испытаний, и вовремя присланный с Ямайки приказ спас ему жизнь».