Его возвышение — вызов в столицу и назначение самым влиятельным в Правительстве министром внутренних дел, едва в апреле 1906 года, наконец, пало правительство еврейского ставленника С.Ю. Витте; а затем всего-то через два с половиной месяца, сохраняя за ним пост министра МВД, и Председателем Совета Министров, — для всех было неожиданной игрой случая. Но только не для него самого, дерзко написавшего в активно русском, «черносотенном» «Новом времени»: «Не черная сотня — а черные миллионы!» он публично сделал выбор, и на плечах Союза Русского Народа мгновенно поднялся из провинции на верховную власть в стране.
А обратил на себя внимание черносотенцев он еще в Гродно, когда решительно взял их сторону в столкновениях с еврейскими боевиками, высыпавшими из-за «черты оседлости». Имел крупные неприятности от Витте. Но благодаря черносотенцам «в наказание» был переведен даже на более заметный и важный пост губернатора в Саратов. Ну, а остальное при тогдашней влиятельности черносотенцев в придворных кругах и на самого царя было делом рутинной техники.
Пытаясь предотвратить назначение Столыпина главой правительства, остраненный от власти еврейский ставленник Витте организовал шикарную провокацию. Кадетская газета «Речь» вдруг опубликовала некие секретные полицейские документы, переданные ей служившим при Витте директором департамента полиции А.А. Лопухиным, тайным масоном, оставшимся слепо верным Витте. Как потом выяснилось, личностью крайне нечистоплотной, тесно связанной с масонами и подспудно покровительствовавшей террористам — революционерам, вскормившей Азефа. Фальшивые секретные документы были о подпольной полицейской типографии, якобы вызвавшей еврейские погромы — якобы в ней печатались прокламации, распространявшиеся через Союз Русского Народа. И тут только что назначенный новый министр внутренних дел Столыпин, еще не привыкший к масонскому коварству, сделал грубый промах. Вместо того, чтобы представить объясняться своему предшественнику, при котором было совершено «некое преступление», он, прочитав газету, самолично взял и немедленно вызвал жандармского ротмистра Комиссарова, в ведении которого была ручная ротационная машина полиции и два печатника, и приказал от греха подальше типографию немедленно уничтожить.
Получилось, будто бы он заметает следы — уничтожает вещественную улику преступления. Коварный Витте о такой промашке Столыпина только и мечтал. Тут же кадетская Дума на основе публикации газеты сделала «запрос о погромной агитации со стороны властей», и Столыпину пришлось лично идти в Думу объясняться перед общественностью. Сразу после него думскую трибуну занял родственник Лопухина, его тесть С.Д. Урусов, тоже тайный масон, служивший при Витте товарищем министра внутренних дел и, естественно, ненавидевший «чужого» Столыпина. Проинструктированный Витте «правдолюбец» Урусов вдруг «вспомнил» якобы о циничных откровениях ротмистра Комиссарова: «Погром устроить можно какой угодно: хотите на 10 человек, а хотите на 10 тысяч».