Против методов гитлеровцев необязательными обещаниями добиваться сотрудничества Украины для борьбы с большевиками, а выполнение обещаний откладывать до окончания войны, Степан Бандера выдвинул систему совершенных фактических действий, — собственной конкретной политикой и борьбой заставить Германию окончательно принять принцип суверенности, или преждевременно раскрыть свои империалистические цели и потерять симпатии и поддержку Украины и других народов, которые ждали от войны освобождения.
30 июня 1941 года, через неделю после нападения Германии на СССР, передвижные группы ОУН во Львове по радио провозгласили восстановление Украинской державы. Новая украинское правительство возглавил соратник С. А. Бандеры Ярослав Стецько. Почти тут же А. Гитлер поручил гестапо ликвидировать этот «сговор украинских самостийников». С.А. Бандеру пригласили на переговоры по делу о невмешательстве Германии в суверенные права Украинской державы и обманом арестовали. Они расстреляли или посадили в тюрьму тысячи украинских националистов. ОУН перешла в подполье и в 1942 году организовала Украинскую Повстанческую Армию — УПА.
С. А. Бандера полтора года просидел в Берлине в полицейской тюрьме, еще полтора года — концлагере Захсенхаузен. Осенью 1944 года он был освобожден — гитлеровцы безуспешно пытались сделать его союзником в войне против Советского Союза, зная его популярность на Украине. Немецкое предложение С. А. Бандера решительно отклонил и на сотрудников с фашистами не пошел.
Несмотря на то, что С. А. Бандера сидел в тюрьме, вся революционная борьба во время Второй мировой войны была связана с его именем. После его ареста некоторое время исполняющим обязанности Проводника ОУН был Николай Лебедь. На III Чрезвычайном Съезде ОУН в 1943 году было создано Бюро Провода ОУН из трех человек: Роман Шухевич, Ростислав Волошин и Дмитрий Маевский. После смерти последних двух ОУН фактически руководил Роман Шухович, поддерживающий связь с С. Бандерой через его жену Ярославу, которой давали свидания с мужем.
На Краевом Совете Провода ОУН на украинских землях в феврале 1945 года, который был объявлен как часть Большого Сбора ОУН, было выбрано Бюро Провода в составе: Степан Бандера, Роман Шухович, Ярослав Стецько. Зимой 1946 года в Мюнхене на расширенной конференции были созданы Заграничные Части ОУН также во главе со Степаном Бандерой. Эти выборы утвердила Конференция ЗЧ ОУН в 1947 году, на которой Степан Бандера вновь стал Председателем Провода всей ОУН.
В 1946 году при активном участии С. Бандеры для борьбы с Советским Союзом создается Антибольшевистский блок народов — АБН во главе с Я. Стецько. До последнего своего дня С.А. Бандера боролся против Москвы, организовывая связь Украиной и боевые группы ОУН.