Японские военные недооценили также возможные силы, которые СССР сможет противопоставить Японии. Предполагалось, что всего против Японии СССР сможет выставить 40–50 «слабо вооружённых» дивизий, включая авиационные. Понятно, почему Императорская Ставка и командование Квантунской армии не сомневались в успехе затяжных оборонительных операций на континенте – ведь силы сторон предполагались примерно равными. Ставка и командование Квантунской армии ожидали, что в условиях сильно пересечённой, изрезанной местности, характерной для Маньчжурско-Корейского ТВД, советские войска развернут методичные наступательные действия «сдавливающего» характера вдоль железных и шоссейных дорог и в долинах рек, и исходя из этого ожидания строили оборону своих войск и разрабатывали планы операций. Они полагали, что противнику для успеха блокадных и штурмовых действий против японских укрепрайонов при невозможности их обхода с флангов и тыла потребуется задействовать дивизии и армии. Неудивительно, что широкие обходные действия дальневосточных фронтов, выделение советским командованием для блокады оставшихся в тылу узлов сопротивления и опорных пунктов Квантунской армии сравнительно незначительных сил из состава полевых укрепрайонов (от роты до батальона, усиленных тяжёлой артиллерией и танками) оказались совершенно неожиданными для японских генералов и маршалов.
Быстрое сосредоточение и развёртывание советских войск на Дальнем Востоке спутали все планы японского командования. Оно приступило к развёртыванию и перегруппировке войск, когда советские войска уже выдвинулись в исходное для наступления положение. Сокрушительные удары войск трёх фронтов на всей линии маньчжурской границы, сочетавшиеся с ударами флота по морским коммуникациям и ударами авиации по узлам дорог в Центральной Маньчжурии, лишили Квантунскую армию возможности завершить подготовку к контрдействиям, несмотря на наличие детально проработанных и разыгранных на картах планов отражения советского наступления и нанесения контрударов. А успешные действия подвижных войск Забайкальского фронта воспрепятствовали японскому командованию осуществить маневр резервами. Утратив в первые же дни централизованное управление своими войсками, японское командование бросало свои силы в бой разрозненными группами, по мере их подхода, и не достигало даже тактических результатов. Также характерно, что, несмотря на все старания японского командования, ему так и не удалось в течение десяти суток завершить полное развёртывание войск Квантунской армии. Это объяснялось не только утратой централизованного управления войсками, но и тем, что движение по основным дорогам Центральной Маньчжурии было с самого начала нарушено воздействием советской ударной авиации, а затем и действиями подвижных передовых отрядов. В результате значительная часть японских войск была выключена из активного участия в боевых действиях, дожидаясь своей очереди подвергнуться избиению. Большая часть поднятых по мобилизации японских военных колонистов попала в советский плен на сборных пунктах резервистов и в маршевых колоннах.