Особое место в расчётах Генерального штаба занимала обстановка в тылу противника. Партизаны и подпольщики Беларуси и Литвы должны были дезорганизовать оперативный тыл, особенно военные сообщения и линии связи группы армий «Центр», и нанести врагу максимально возможный урон. Белорусский штаб партизанского движения (БШПД) определил конкретные задачи партизанским бригадам и отрядам: в тылу врага нарушать коммуникации и узлы связи, уничтожать штабы, выводить из строя технику противника, в интересах наступающих фронтов вести разведку, захватывать и удерживать выгодные рубежи и плацдармы на реках до подхода армии, оказывать её частям поддержку при освобождении городов, железнодорожных узлов и станций, организовывать охрану населённых пунктов, срывать эвакуацию советских граждан в Германию, всячески мешать гитлеровцам взрывать при отступлении промышленные объекты и мосты. До начала наступления советских войск в Беларуси по воздушному мосту с «Большой земли» партизаны получили 52 т тола, 110 тыс. м бикфордова шнура, 14 тыс. ручных гранат, 2 тыс. винтовок и ручных пулемётов, 68 миномётов, 80 противотанковых ружей, 5 млн патронов и другое военное имущество. 7 июня 1944 г. Ставкой ВГК, Центральным и Белорусским штабами партизанского движения был рассмотрен и утверждён, а наследующий день доведён до всех партизанских формирований и подпольных организаций по радио план третьего этапа «рельсовой войны» – стратегической диверсионной операции по срыву работы железнодорожной сети противника и уничтожению перевозимых по железнодорожным линиям войск и материальных средств. Каждому отряду ставились совершенно конкретные задачи: какой участок железной дороги вывести из строя, сколько и где подорвать рельсов. Для улучшения оперативного руководства боевыми действиями партизанских формирований, их координации с действиями советских войск были созданы и прикомандированы к военным советам 1, 2 и 3-го Белорусских и 1-го Прибалтийского фронтов оперативные группы БШПД, которым подчинялись все партизанские формирования в полосе действий соответствующего фронта. В свою очередь, штабы фронтов, армий и корпусов направили в партизанские соединения и бригады офицеров связи и радистов с радиостанциями.
На Белорусское направление устремились многочисленные железнодорожные эшелоны с войсками, вооружением, боевой техникой и военными грузами. В глубокой тайне хранилась переброска 51-й и 2-й гвардейской армий, высвободившихся после освобождения Крыма. Ещё 21 мая 1944 г. командующему 4-м Украинским фронтом была направлена телеграмма, предписывавшая соблюдать строжайшие меры секретности железнодорожных перевозок. Запрещалась служебная переписка по этому поводу, почти полностью прекращались командировки офицеров и генералов в Москву. На остановках эшелоны немедленно оцеплялись сильными патрулями и люди выпускались из вагонов лишь командами. Линейным органам Службы военных сообщений (ВОСО) и работникам Наркомата путей сообщений никаких данных, кроме номера, присвоенного эшелону, не сообщалось. Такой же строжайшей секретностью была окружена переброска со 2-го Украинского фронта 5-й танковой армии. На станциях разгрузки прибывавшие войска встречали специально выделенные офицеры и далее сопровождали их до районов сосредоточения.